按色譜法分離所依據的物理或物理化學性質的不同，又可將其分為5類，分別是：
1、吸附色譜法：利用吸附劑表面對不同組分物理吸附性能的差別而使之分離的色譜法稱為吸附色譜法。適於分離不同種類的化合物（例如，分離醇類與芳香烴）。
2、分配色譜法：利用固定液對不同組分分配性能的差別而使之分離的色譜法稱為分配色譜法。
3、離子交換色譜法：利用離子交換原理和液相色譜技術的結合來測定溶液中陽離子和陰離子的壹種分離分析方法，利用被分離組分與固定相之間發生離子交換的能力差異來實現分離。
離子交換色譜主要是用來分離離子或可離解的化合物。它不僅廣泛地應用於無機離子的分離，而且廣泛地應用於有機和生物物質，如氨基酸、核酸、蛋白質等的分離。
4、尺寸排阻色譜法：是按分子大小順序進行分離的壹種色譜方法，體積大的分子不能滲透到凝膠孔穴中去而被排阻，較早的淋洗出來；中等體積的分子部分滲透；
小分子可完全滲透入內，最後洗出色譜柱。這樣，樣品分子基本按其分子大小先後排阻，從柱中流出。被廣泛應用於大分子分級，即用來分析大分子物質相對分子質量的分布。
5、親和色譜法：相互間具有高度特異親和性的二種物質之壹作為固定相，利用與固定相不同程度的親和性，使成分與雜質分離的色譜法。例如利用酶與基質（或抑制劑）、抗原與抗體，激素與受體、外源凝集素與多糖類及核酸的堿基對等之間的專壹的相互作用；
使相互作用物質之壹方與不溶性擔體形成***價結合化合物，用來作為層析用固定相，將另壹方從復雜的混合物中選擇可逆地截獲，達到純化的目的。可用於分離活體高分子物質、過濾性病毒及細胞。或用於對特異的相互作用進行研究。
其應用：
色譜法的應用可以根據目的分為制備性色譜和分析性色譜兩大類。
制備性色譜的目的是分離混合物，獲得壹定數量的純凈組分，這包括對有機合成產物的純化、天然產物的分離純化以及去離子水的制備等。
相對於色譜法出現之前的純化分離技術如重結晶，色譜法能夠在壹步操作之內完成對混合物的分離，但是色譜法分離純化的產量有限，只適合於實驗室應用。
分析性色譜的目的是定量或者定性測定混合物中各組分的性質和含量。定性的分析性色譜有薄層色譜、紙色譜等，定量的分析性色譜有氣相色譜、高效液相色譜等。色譜法應用於分析領域使得分離和測定的過程合二為壹，降低了混合物分析的難度縮短了分析的周期，是比較主流的分析方法。
在中華人民***和國藥典中，***有超過約600種化學合成藥和超過約400種中藥的質量控制應用了高效液相色譜的方法。