1、磷酸化與脫磷酸化：蛋白激酶催化蛋白質的磷酸化，蛋白質磷酸酶催化去磷酸化反應。磷酸化與脫磷酸化是代謝調節中最為重要和常見的方式之壹，如p53蛋白的磷酸化與去磷酸化及乙酰化與去乙酰化。
2、乙酰化與脫乙酰化：蛋白質乙酰化是指乙酰輔酶A轉移酶將乙酰基轉移給蛋白質上的賴氨酸殘基，改變蛋白質的功能。乙酰化與脫乙酰化是體內快速調節的重要方式之壹，如組蛋白的乙酰化與脫乙酰化。
3、甲基化與脫甲基化：甲基化是指在蛋白質的賴氨酸、精氨酸、組氨酸等殘基上加上甲基基團，從而改變蛋白質的功能。甲基化與脫甲基化是體內快速調節的重要方式之壹，如組蛋白的甲基化與脫甲基化。
4、腺苷化與脫腺苷化：腺苷化是指腺苷二磷酸（ADP）或腺苷三磷酸（ATP）與蛋白質上的羥基殘基形成酯鍵，從而改變蛋白質的功能。