1798年5月19日，法軍3.8萬人分乘309艘運輸船，由壹支55艘軍艦組成的分艦隊護航，離開土倫駛往埃及。遠征軍出動後；法國同時采取了迷惑行動——佯稱陸戰隊將在愛爾蘭登陸。
6月12日法國人占領了馬耳他島及島上的瓦萊塔要塞。7月1日，在馬拉布灣登陸並占領了亞歷山大港。7月13日在舍勃列伊斯附近。7月21日在金字塔下的交戰中，法軍擊潰了埃及穆拉德?別伊的馬木留克騎兵。7月24日，波拿巴率領部分軍隊進入開羅。克萊貝爾將軍占領了尼羅河三角洲，傑澤將軍追擊穆拉德?別伊的馬木留克騎兵，在謝季馬納附近將其擊敗，攻占了上埃及。
8月1～2日，英國海軍少將納爾遜的分艦隊在阿布基爾附近殲滅了法國海軍中將布律埃斯指揮的分艦隊，從而使波拿巴的3萬遠征軍斷絕了與歐洲的聯絡。
1798年9月，土耳其對法國宣戰。法國當局在占領區的殘暴統治激起當地人民多次起義，其中規模最大的壹次起義是1798年10月21～23日的開羅起義。為預防土耳其軍隊的進攻，波拿巴按既定戰略計劃於1799年2月率領1.3萬人進軍敘利亞。法軍攻占雅法和海法後，於3月18日逼近阿卡要塞。法軍對要塞圍攻兩個月未克，被迫於5月21日撤退，6月14日返回埃及。盡管法軍7月25日在阿布基爾打敗了英土陸戰隊，但它在埃及卻處於不妙的境地。
同時，法國國內政局勢更趨動蕩。這壹切使波拿巴不得不拋下軍隊，帶著壹支人數不多的隊伍於8月24日乘“繆伊朗”號三桅巡洋艦秘密離開埃及駛返法國本土。留下來接替他的克萊貝爾將軍於1800年1月24日在艾裏—阿裏什同英土簽訂了停戰協定，英土允許法軍體面地撤出埃及。
但不久英國人卻要求法軍解除武裝，破壞了停戰協定，遂使戰火復燃。1800年3月20日，克萊貝爾將軍在希力奧坡力附近擊潰了來自敘利亞的土耳其軍隊。克萊貝爾的繼任者麥努將軍與英軍數次交戰均失利，特別是1801年3月亞歷山大附近壹戰失敗後，不得不簽訂投降協定。
1801年9月，法軍殘部撤離埃及。法軍在埃及的地位，同時也被俄國海軍上將烏沙科夫指揮的俄國黑海艦隊的分艦隊在地中海的壹系列行動所削弱。