公元前500年，小亞細亞最大的伊奧尼亞城邦米利都的僭主阿裏司塔哥拉斯因挑唆波斯進攻愛琴海的那克索斯失敗，懼怕波斯人的懲罰，利用人民反抗波斯統治的情緒，發動伊奧尼亞各城邦起義。米利都首先發難，其他各邦紛起響應，波斯在各邦扶植的僭主接連被推翻。以米利都為首的伊奧尼亞城邦的起義，揭開希臘城邦與波斯帝國之間的戰爭的序幕。
伊奧尼亞城邦起義後，阿裏司塔哥拉斯到斯巴達和雅典請求援助。沒有海外經濟利益又沒有什麽海軍力量的斯巴達，在權衡利害得失之後，以路程太遠為理由拒絕過援助。雅典則不同。雅典人基於自身的利益，同時還因為拒絕過薩爾迪斯的波斯總督要雅典獻出“土和水”(即表示降服)的要求，也拒絕過他要雅典迎回被放逐的僭主希庇阿斯的“命令”，深知與波斯的戰爭在所難免，為了幫助同胞的解放，決定派出20艘戰艦前去援助。曾經是米利都的同盟者的埃列特裏亞派出了五艘戰艦。
公元前499年夏，雅典和埃列特裏亞的援軍到達小亞細亞，會同伊奧尼亞城邦的起義隊伍，從以弗所出發，攻占了波斯總督的駐地薩爾迪斯，焚毀了城市之後便撤退，但在以弗所為追蹤而至的波斯軍所敗。雅典和埃列特裏亞撤回援軍，伊奧尼亞城邦繼續堅持鬥爭。不久，赫勒斯滂地區和卡裏亞地區的希臘城邦，以及塞浦路斯人也都起義反抗波斯的統治。
波斯在鎮壓塞浦路斯和赫勒斯滂地區的起義後，於公元前497年集中海陸軍隊進攻米利都。伊奧尼亞各邦的聯合艦隊由於意見不壹致，行動不協調，以致在拉德島附近被腓尼基艦隊所消滅。米利都旋即被圍，居民英勇防衛了壹年多，公元前495年終於陷落。城市遇到焚毀，公民絕大多數戰死，剩下的幾千名婦孺，被俘到波斯的都城蘇薩。米利都的陷落，給雅典人留下難忘的印象，他們用各種方式哀悼自己同胞所遭受的災難。當雅典劇院上演弗呂尼霍斯的悲劇“米利都的陷落”時，全體觀眾嚎啕大哭，弗呂尼霍斯因此被罰1000德拉赫麥的罰金，並且禁止任何人再演這出戲。
米利都陷落後的第二年，其他起義的城邦也都先後被波斯鎮壓下去。歷時六年之久的小亞細亞希臘城邦的起義完全失敗了。
大流士在鎮壓小亞細亞希臘城邦起義之後，決定用強力征服巴爾幹希臘。雅典和埃列特裏亞對米利都的援助成為波斯進攻的借口。