甲基化C堿基在基因組上的分布包含三種形式（CG, CHG和CHH，其中H代表A 或T或C堿基）。
就這個意思在植物中的甲基化分三種類型：CG，CHG，CHH，其中C是加上甲基的胞嘧啶，H是任何除了G之外的核苷酸殘基。
這幾種甲基化的不同在於它們建立，維護以及遺傳的原理；而且它們在基因組調節過程中的作用不同，這樣就會對機體的特性—或者稱為表型產生不同的影響。
以前在幾種不同植物中通過對全基因組範圍的甲基化特性分析確認了許多可變的DNA甲基化區域。
限制性內切酶 它能識別特定的核苷酸序列 並在特定的切點上切割DNA分子。壹種限制性內切酶只能識別壹種特定的核苷酸序列。