主要是職責、裝備、兵種不同。
1、職責不同
陸軍防空兵的職責：
實施對空偵查、警戒和空情報知；制止敵人空中偵察；攔截和殲滅敵方的飛機、巡航導彈等各種空襲兵器，掩護軍隊的部署，行動以及軍事設施、交通運輸線等，保障軍隊的主要集團和重要後方目標免受或者少受空中敵人的襲擊。
空軍防空兵的職責：
協助及配合地面部隊攻勢及行動。壹般常規戰爭，會先由偵察機進行偵察行動，最初會由空軍提供重型火力攻擊，摧毀敵方主要防空設施，電力設施，軍事基地等重要目標，再由轟炸機進行轟炸，及以戰機進行精確範圍的空對地攻擊，才由地面部隊進攻，而戰爭過程中亦會配合地面部隊而作攻勢。
2、裝備不同
陸軍防空兵裝備高炮和地空導彈，裝備高炮是射擊空中目標的火炮，並能根據需要對地面和水面目標射擊，是我軍陸軍防空兵的主要裝備。
地空導彈是從陸地上發射，攔截和摧毀各種空襲兵器的制導武器。它命中精度高，毀傷概率高，自動化程度高，反映時間短。
空軍防空兵裝備高射炮武器系統和地空導彈武器系統，遂行國土防空作戰任務。
3、兵種不同
陸軍防空兵是以高射炮和防空導彈為基本裝備的戰鬥兵種，是合成軍隊的重要組成部分。
空軍防空兵是空軍高射炮兵和空軍地空導彈兵組成，兩個兵種的作戰、訓練、裝備管理等工作的組織相近。
擴展資料：
防空兵的歷史來源：
中國人民解放軍1945年10月用繳獲敵軍高炮，組建了第壹支高射炮大隊，隨著戰爭的需要高射炮兵不斷發展壯大，先後參加了解放戰爭、抗美援朝、反偵察、援越抗美等防空作戰。
在與優勢裝備的敵人空襲兵器的鬥爭中，取得了重大勝利，積累了豐富的作戰經驗，形成了自己的作戰理論與戰法。
中國人民解放軍1987年8月頒發的《合成軍隊戰鬥概則》，首次將高射炮兵和地空導彈部隊合稱為陸軍防空兵，但目前還沒有成為獨立的兵種，沒有正式從炮兵序列中分離出來，亦即防空兵仍然由炮兵指揮機構管轄。
百度百科-防空兵
中國空軍網-空軍地面防空兵