醫保局發現藥店違規後，處理時間因具體情況而異。壹般情況下，醫保局會立即展開調查，並在調查結束後盡快給出處理結果。這個過程可能需要壹定的時間，因為需要收集證據、聽取藥店的陳述和申辯、做出處罰決定等。具體時間可能會受到違規情況的復雜性、調查難度等因素的影響。
壹、調查階段
醫保局在發現藥店違規後，會立即展開調查。調查的目的是為了收集證據，了解違規的具體情況。這個過程可能需要壹定的時間，因為需要查閱相關記錄、詢問相關人員等。
二、處理階段
在調查結束後，醫保局會根據收集到的證據和藥店的陳述申辯，做出處理決定。處理決定可能包括罰款、暫停醫保服務、吊銷執照等。這個過程也需要壹定的時間，因為需要權衡各種因素，做出公正、合理的決定。
三、通知階段
壹旦處理決定做出，醫保局會通知藥店處理結果。通知方式可能是書面通知或公告等。藥店在接到通知後，需要按照處理決定進行整改或接受處罰。
綜上所述：
醫保局發現藥店違規後，處理時間因具體情況而異。壹般情況下，醫保局會盡快展開調查並給出處理結果。具體時間可能會受到違規情況的復雜性、調查難度等因素的影響。在處理過程中，醫保局會遵循公正、公開、公平的原則，保障藥店的合法權益。
法律依據：
《中華人民***和國藥品管理法》第九十條規定：藥品監督管理部門在監督檢查中發現藥品經營企業違反本法規定從事藥品經營活動的，應當當場予以糾正或者限期改正，並可以依照本法第八十六條的規定給予警告、罰款等行政處罰；情節嚴重的，吊銷藥品經營許可證；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
《中華人民***和國社會保險法》第八十三條規定：社會保險行政部門負責社會保險管理工作，依法行使社會保險管理職權。對違反本法規定的行為，有權進行監督檢查和處理。