真菌通常又分為三類，即酵母菌、黴菌和蕈菌（大型真菌），它們歸屬於不同的亞門。
大型真菌是指能形成肉質或膠質的子實體或菌核，大多數屬於擔子菌亞門，少數屬於子囊菌亞門。常見的大型真菌有香菇、草菇、金針菇、雙孢蘑菇、平菇、木耳、銀耳、竹蓀、羊肚菌等。它們既是壹類重要的菌類蔬菜，又是食品和制藥工業的重要資源。
二：真菌是細菌的壹種嗎?
隨著生活水平的逐漸提高，人們的衛生防病意識也在不斷加強。大多數人知道細菌可以導致疾病，並習慣用“有病菌”或“有細菌”來形容壹個臟的環境或物品。那麽，真菌又是怎麽回事，是細菌的壹種嗎?的確，真菌也很微小，也能使人生病，但它和細菌有著本質的區別。
我們知道，植物和動物都是由細胞組成的，細胞內都有細胞核。而微生物中只有真菌具有真正的細胞核和完整的細胞器，故又稱真核細胞型微生物；細菌僅有原始核結構，無核膜和核仁，細胞器很少，屬於原核細胞型微生物；而病毒則沒有細胞結構，屬於原生微生物。
真菌在自然界中分布極廣，有十萬多種，其中能引起人或動物感染的僅占極少部分，約300種。很多真菌對人類是有益的，如面粉發酵，做醬油、醋、酒和黴豆腐等都要用真菌來發酵。工業上許多酶制劑、農業上的飼料發酵都離不開真菌。許多真菌還可食用，如蘑菇、銀耳、香菇、木耳等。真菌還是醫藥事業中的寶貴資源，有的可以用於生產抗生素和維生素以及酶類；有的本身就可以入藥用於醫治疾病，如中藥馬勃、茯苓、冬蟲夏草等。
真菌還可引起動、植物和人類的多種疾病，在人類主要有三種類型：①真菌感染；②變態反應性疾病；③中毒性疾病。
黴菌
亦稱“絲狀菌”。屬真菌。體呈絲狀，叢生，可產生多種形式的孢子。多腐生。種類很多，常見的有根黴、毛黴、曲黴和青黴等。黴菌可用以生產工業原料(檸檬酸、甲烯琥珀酸等)，進行食品加工(釀造醬油等)，制造抗菌素(如青黴素、灰黃黴素)和生產農藥(如“920”、白僵菌)等。但也能引起工業原料和產品以及農林產品發黴變質。另有壹小部分黴菌可引起人與動植物的病害，如頭癬、腳癬及番薯腐爛病等。
酵母菌
屬真菌。體呈圓形、卵形或橢圓形，內有細胞核、液泡和顆粒體物質。通常以出芽繁殖；有的能進行二等分分裂；有的種類能產生子囊孢子。廣泛分布於自然界，尤其在葡萄及其他各種果品和蔬菜上更多。是重要的發酵素，能分解碳水化合物產生酒精和二氧化碳等。生產上常用的有面包酵母、飼料酵母、酒精酵母和葡萄酒酵母等。有些能合成纖維素供醫藥使用，也有用於石油發酵的。
啤酒酵母（Saccharomyces）
屬酵母菌屬。細胞呈圓形、卵形或橢圓形。以出芽繁殖，能形成子囊孢子。在發酵工業上，可用來發酵生產酒精或藥用酵母，也可通過菌體的綜合利用提取凝血質、麥角固醇、卵磷脂、輔酶甲與細胞色素丙等產品。
紅曲黴素（Monascuspurpureus）屬於囊菌綱，曲黴科。菌絲體紫紅色。無性生殖時，茵絲分枝頂端形成單獨的或壹小串球形或梨形的分生抱子。有性生殖時，產生球形、橙紅色的閉囊果，內生含有八個子囊孢子的子囊。紅曲黴可制紅曲、釀制紅乳腐和生產糖化酶等。
假絲酵母（Candida）
壹屬能形成假菌絲、不產生子囊孢子的酵母。不少的假絲酵母能利用正烷烴為碳源進行石油發酵脫蠟，並產生有價值的產品。其中氧化正烷烴能力較強的假絲酵母多是解脂假絲酵母（C.lipolytica）或熱帶假絲酵母（C.tropicalis）。有些種類可用作飼料酵母；個別種類能引起人或動物的疾病。
白色念珠菌（Candidaalbicans）
或亦稱“白色假絲酵母”。壹種呈橢圓形、行出芽繁殖的假絲酵母。通常存在於正常人的口腔、腸道、上呼吸道等處，能引起鵝口瘡等口腔疾病或其他疾病。