GFF和GTF是兩種最常用的基因組註釋格式，在信息分析中建庫時除了需要fasta文件壹般還會需要這兩種文件，提取需要的信息進行註釋。
GFF(General Feature Format)是壹種用來描述基因組特征的文件，現在我們所使用的大部分都是第三版（gff3）。
gff文件除gff1以外均由9列數據組成，前8列在gff的3個版本中信息都是相同的，只是名稱不同：
gtf文件是以tab鍵分割的9列組成，以下為每壹列的對應信息：
在GFF文件的開頭，可以有#開頭的註釋行,示例如下
對於不同的基因組特征，其屬性不同。
染色體是基礎，後續的基因，exon等都是需要定位在染色體上的。
假基因示例如下
tRNA基因示例如下
miRNA基因示例如下
壹個miRNA基因的最終會形成兩個成熟的miRNA。
lncRNA基因示例如下
需要註意是，由於可變剪切的存在，壹個蛋白編碼基因可能會有多個轉錄本。
查看第9列有哪些註釋信息：
gtf全稱為gene transfer format，主要是用來對基因進行註釋，當前所廣泛使用的gtf格式為第二版（gtf2）。以下均基於gtf2敘述。
gtf同gff3很相似，也是9列內容，其內容如下：
例子：
GFF 全稱為general feature format，這種格式主要是用來 註釋基因組 。
GTF 全稱為gene transfer format，主要是用來對 基因 進行註釋。
GTF 的第九列，通常為：
而 GFF 的第九列，通常為：
目前兩種文件可以方便的 相互轉化 :使用 gffread
UCSC GTF format
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