1.酵素菌堆肥
酵素菌堆肥通常用作基肥，施入土壤後，能產生大量腐殖質，改善土壤理化性質，增強土壤保肥、保水能力，提高地溫3～5℃，控制土壤各種病害傳播，適用於各種保護地栽培的作物，壹般每畝施30～50公斤，施用後深翻入土10～20厘米。
2.高效粒狀肥
高效粒狀肥即把豆餅粉、油渣等優質原料，骨粉、雞糞等優質動物原料以及頁巖等礦物質材料經過處理，接入酵素菌種，經過發酵，按壹定生產工藝配合化學肥料制成的肥料。可根據需要生產各類作物用肥。大部分作基肥施用，施用量：夏白菜每畝50公斤、秋白菜每畝50～60公斤，均於播種前條施入埂內，在投入成本壹致的情況下比施用二銨增產5%～7%。用作追肥，在白菜蓮座期、結球始期分別追施20公斤、30公斤。註意施後要覆土、澆水。
茄子：地膜栽培，確定壟基位置後，撒施肥料，而後疊起壟臺、覆膜，及時移栽，對照肥料為撒可富。在各個處理中，每畝200公斤酵素菌粒狀肥料增產幅度最大，畝產達到3248公斤，但成本也大，所以建議茄果類蔬菜，每畝用量應為150公斤。
葡萄：用於追肥，即在開花前期和漿果膨大期***追2次，畝用量壹般為20～30公斤。施用酵素菌肥料後，葡萄莖葉增長速度加快，抗病性增強，葉片深綠有光澤，秋後產量較對照同等成本施用尿素畝增產500公斤，且糖分含量增加2～3度，商品價值明顯提高，耐儲存。
玉米：作為基肥使用，最好與農家肥混勻於播種前施入，可穴施和條施，以充分發揮肥效。建議每畝用量30～40公斤，追肥用量可減少30%，次數不變。
3.液體沖施肥
主要用於蔬菜花卉類，也可用於果樹，使用方法是在需肥關鍵期結合澆水順水沖施或在植株間兌水澆灌，對茄果類蔬菜摘壹次果追壹次肥。施用量壹般每次每畝掌握在蔬菜5～10公斤、果樹10～15公斤、花卉5～10公斤，灌根時用20～30倍水調勻，澆於植株旁10～15厘米，能明顯防止根的老化，增強根的活力，調節土壤營養元素平衡，使植株更加健壯，抗逆性更強。
4.葉面肥
又稱黑砂糖農藥，主要是通過葉面噴施將有效成分葡萄糖、氨基酸及各種酶類透過作物葉片細胞進入深層細胞，促進植物生長，提高光合作用，施用後產生的抗性物質及醇、酸類物質可抑制病蟲的發生(如蔬菜類霜黴病、角斑病)。每畝施用量為100～200毫升，稀釋300～400倍，5～7天噴1次，最好在噴灑前適量兌入白酒、米醋、尿素，噴灑時間應在下午4時以後。
5.註意事項
(1)酵素菌肥屬於生物肥料，應存放在陰涼處，不可暴曬。
(2)作為追肥使用時，應早施(比平時提前7天左右)，以利於肥料內生物體充分與土壤結合。同時應保持足夠的土壤濕度。
(3)酵素菌肥不能和其他化學肥料混合使用(如尿素、碳銨、硫銨等)，以免殺死菌體細胞，影響增產效果。
(4)不可和殺菌劑混用。