抗微生物藥物包括抗菌素類、磺胺類、硝基呋喃類及其復方制劑，這些是防治鴨細菌性疾病、真菌性和寄生蟲病時廣泛使用的藥物。
（1）青黴素 常用的是青黴素G鈉鹽或鉀鹽，溶於水後易失效，應現用現配。該藥主要對革蘭氏陽性菌具有極強的殺滅作用。該藥可肌肉註射，按鴨每千克體重肌註1～2萬單位，每天二次；也可溶於飲水中，小鴨每只按2～3萬單位，大鴨每只按3～5萬單位。飲水給藥時，要求在1～2小時內飲完。
（2）鏈黴素 主要對革蘭氏陰性桿菌和結核桿菌有殺滅和抑制作用。肌肉註射時，小鴨每只0.02～0.05克，大鴨每只0.05～0.2克；飲水時用量可加大。在防治鴨大腸桿菌、沙門氏菌和禽霍亂時，常將青、鏈黴素聯合使用，效果更佳。
（3）慶大黴素 為廣普抗菌素，對大多數革蘭氏陰性菌如大腸桿菌、沙門氏菌和變性桿菌等，有較強的抗菌作用，對葡萄球菌等革蘭氏陽性菌也有抑制作用。可肌註或飲水，雛鴨每只2000～4000單位，成鴨每只5000～6000單位，壹天2次。
（4）土黴素 為黃色結晶性粉末，易溶於水，為廣普抗菌素，它不僅用於疾病的治療，還廣泛用作飼料添加劑，能促進畜禽生長發育。混料給藥時，按每噸飼料加入土黴素200～800克，連用5～7天。
（5）制黴菌素 為黃色或棕黃色粉末，有吸濕性，不溶於水。該藥對各種真菌如煙曲黴菌、白色念珠菌、球孢子菌等有效，但對細菌無效。常用於治療幼鴨曲黴菌病，每天每只鴨用1～1.5萬單位，每天壹次，連用2～3天。
（6）磺胺類藥 為合成的抗菌藥物，對大多數革蘭氏陽性菌及壹些陰性菌有抑制、殺滅作用，常用於防治大腸桿菌病、沙門氏菌病、禽霍亂和球蟲病。常用磺胺藥主要有磺胺嘧啶（SD）、磺胺二甲基嘧啶（SM2）、磺胺甲基異口唑（新諾明）、磺胺-5-甲氧嘧啶（SMD）和二甲氧芐氨嘧啶（敵菌凈）等。SD和SM2混料和飲水時，分別按10千克飼料或飲水中，加入20～50克和10～20克，連用3天。新諾明混料按每噸飼料加100～200克連用3天。SMD混料按每噸飼料加500～1000克，飲水時每升水加0.25～0.5克，連用3～5天。復方敵菌凈混料按每噸料加200～800克。產蛋鴨在產蛋期禁用，以免引起產蛋下降。
（7）喹乙醇 是磺胺類藥物的復方制劑，為淺黃色結晶性粉末。該藥除了用於防治大腸桿菌病、禽霍亂、沙門氏菌和球菌病外，它還具有促進機體蛋白質合成，提高飼料利用率和促進生長等作用。作為飼料添加劑的用量為每噸飼料中加25～35克。該藥安全範圍窄，應避免過量中毒。
（8）喹諾酮類 屬於新型合成抗菌素藥物，目前主要有諾氟殺星、氧氟殺星、恩諾殺星（普殺平）等，為廣普抗菌藥物，對禽霍亂、大腸桿菌、沙門氏菌和黴形體等有殺滅作用。恩諾殺星（2.5%）飲水時，每1000克水中加2～3毫升，連用3～5天。
（9）百病消（10%）為德國拜爾公司生產，為淡黃色液體，對革蘭氏陽性、陰性菌及黴形體均有良效，尤其對出殼小鴨提高抗病力和預防雛鴨大腸桿菌病和鴨疫巴氏桿菌病效果特佳，飲水時按每10升水加5～10毫升。