1983年5月，因反對政府在全國實行伊斯蘭法，以約翰·加朗為首的壹些南方官兵發動兵變，成立了“蘇丹人民解放軍”，開始反政府武裝活動，從而引發蘇丹第二次內戰。蘇丹人民解放運動和蘇丹人民解放軍在埃塞俄比亞得到了有力的支持，組織並武裝了自己，使他們最終成為對抗政府的強大武裝力量。盡管他們主要是由基督教徒領導下的南方人(以丁卡人為主)組成的,但隨後北方的非阿拉伯族群和南方的自由思想者也加入進來，他們和該運動壹起在為建立壹個世俗的、民主的蘇丹而戰。
2005年1月，作戰雙方簽訂合約《內羅畢協議》，北方政府同意南方就獨立舉行公投，沖突基本結束。