1 mRNA
真核生物的mRNA前體在細胞核內合成，合成後需經加工，才成熟為mRNA，從細胞核輸入胞漿，投入蛋白質合成；而原核生物的mRNA常在合成尚未結束時，已開始翻譯。真核生物mRNA含有7甲基三磷酸鳥苷形式的“帽”，有由多聚腺苷酸形成的“尾”，為單順反子，只含壹條多肽鏈的遺傳信息，合成蛋白質時只有壹個合成的啟動點，壹個合成的終點；而原核生物的mRNA為多順反子，含有蛋白質合成多個啟動點和終止點，且不帶有類似“帽”與“尾”的結構。在5′端方向啟動信號的上遊存在富含嘌呤的SD區段。真核生物的mRNA則無此區段。真核生物的mRNA代謝較慢，哺乳類動物mRNA的半衰期為4～6h，而細菌的mRNA半衰期僅在1～3min。此外真核生物的mRNA前體常含有插入順序，即內含子，需要在加工時切除。
2 核蛋白體
真核生物的核蛋白體（80S）大於原核生物。小亞基為 40S含有壹種 rRNA(18S rRNA)；大亞基為60S，含有 3種rRNA（28S rRNA、5．5S rRNA和 5S rRNA），所含的核蛋白體蛋白質亦多於原核生物。原核生物小亞基16SrRNA的3′末端有壹富含嘧啶的區段，可與其mRNA啟動部位富含嘌呤的SD區互補結合。在真核生物相應的rRNA（18S rRNA）中，無此互補區。
3 tRNA
真核生物起著啟動作用的氨基酸tRNA為不需要甲酰化的Met－tRNA fMet而原核生物中為fMet-tRNA fMet，系Met－tRNA fMet經蛋氨酰tRNA轉甲酰基酸催化後的產物。
4 合成過程
（1）啟動。真核生物的啟動因子（eIF）有9-10種，真核生物核蛋白小亞基先與Met－tRNA fMet結合，再與mRNA結合，此時需要壹分子ATP。
（2）肽鏈延長。真核生物中催化氨基酸tRNA進入受體的延長因子只有壹種（EFT 1）。催化肽酰tRNA移位的因子稱為EFT 2，可為白喉毒素所抑制。
（3）終止。真核生物只需壹種終止因子（RF），此終止因子可識別3種終止密碼子，並需要三磷酸鳥苷。原核生物的終止因子有3種。
此外，哺乳動物類等真核生物線粒體中，存在著自 DNA到RNA及各種有關因子的蛋白合成體系，以合成線粒體的某些多肽。該體系類似原核生物蛋白合成體系。
（四）翻譯後加工
從核蛋白體釋放的多肽鏈，不壹定具備生物活性。肽鏈從核蛋白體釋放後，經過細胞內各種修飾處理過程，成為有活性的成熟蛋白質，稱為翻譯後加工。
1.高級結構的修飾
肽鏈釋放後可自行根據其壹級結構的特征折疊、盤曲成高級結構。此外，高級結構的修飾還包括：
（1）折疊：蛋白立體構象的生成需要折疊，有分子伴侶，二硫鍵異構酶及肽鏈順反異構酶等參與。
（2）亞基聚合。具有四級結構的蛋白質由兩條以上的肽鏈通過非***價鍵聚合，形成寡聚體，各亞基雖自有獨立功能，但又必須相依存，才得以發揮作用。
（3）輔基連接。蛋白質分為純蛋白及結合蛋白兩大類，糖蛋白、脂蛋白及各種帶有輔酶的酶，都是常見的重要結合蛋白質。
輔基（輔酶）與肽鏈的結合是復雜的生化過程。
2 壹級產物的修飾
（1）去除N-甲酰基或N-蛋氨酸。在蛋白質合成過程中，N-端氨基酸總是fMet（甲酰蛋氨酸），其α-氨基是甲酰化的。但天然蛋白質大多數不以蛋氨酸為N端第壹位氨基酸。細胞內的脫甲酰基酶或氨基肽酶可以除去N-甲酰基，N-末端蛋氨酸或N-末端的壹段肽。
（2）個別氨基酸的修飾。有些蛋白質還需經壹定的修飾才能成熟而參與正常的生理活動。例如精蛋白的前體需要帶上糖鏈，膠原蛋白的前體在細胞內合成後，需經羥化並帶上糖鏈。
在結締組織的蛋白質內常出現羥脯氨酸、羥賴氨酸，這兩種氨基酸並無遺傳密碼、反密碼子及tRNA引導入肽鏈，是脯氨酸、賴氨酸殘基經過羥化而出現的。
（3）水解修飾。通過水解修飾，壹條肽鏈可能分為多個不同的活性肽段。無活性的酶原轉變為有活性的酶，常需要去掉壹部分肽鏈。例如胰島素原變為胰島素時，尚需去掉部分肽段。
3 蛋白質合成的靶向輸送
蛋白質合成後，定向地到達其執行功能的目標地點，稱為靶向輸送。分泌性蛋白的合成過程實際是和其他蛋白質基本壹樣的。但其mRNA往往要有壹段疏水氨基酸較多的肽編碼，這段肽稱為信號肽，其作用是把合成的蛋白質轉移到內質網，剪切下信號肽，然後把合成的蛋白質送出胞外。