金鹿航空有限公司前身是於1995年成立的中國最早專業從事公務機業務的金鹿公務機有限公司（Deer Jet Co.,Ltd）。為首都航空的前身。2004年7月，金鹿公務機開始試點經營商務和旅遊包機業務；2006年8月，金鹿公務機取得公***航空運輸企業經營許可證；正式加入國際包機人協會（IACA），成為其亞洲唯壹會員；建立了與歐洲政府機構、EASA、Eurocontrol、ECAC和ICAO的聯系。成為中國民航惟壹壹家同時擁有通用航空和公***航空運營合格證的企業。2006年10月，金鹿公務機有限公司更名為金鹿航空有限公司，從通用航空企業轉制為公***航空運輸企業。轉制後的金鹿航空運營的最大的特點是不受定期航線的限制，可以根據旅遊市場的變化靈活經營。2010年2月7日，北京市政府與海航集團有限公司簽署戰略合作框架協議，由首旅集團代表北京市參與組建，金鹿航空有限公司將更名為首都航空有限公司。