2011年7月23號，賴昌星被遣返回國，廈門海關緝私局依法對其執行逮捕，海關緝私部門和檢察機關反貪部門依法對其涉嫌走私普通貨物罪和行賄犯罪開展偵查。
經過查證，1996年到1999年賴昌星走私犯罪集團在廈門關區大肆走私香煙、汽車、成品油、植物油、化工原料、各種設備及其他貨物，賴昌星本人或指示授意他人向數十名國家工作人員行賄，涉案金額巨大，賴昌星本人及其他的犯罪集團骨幹成員對涉嫌走私行賄犯罪事實供認不諱。
2011年12月30日，賴昌星涉嫌走私行賄犯罪壹案已經依法偵查終結。 移送廈門市人民檢察院公訴部門審查起訴，廈門市人民檢察院已經依法受理此案。 廈門市中級人民法院自2012年4月6日至4月22日對該案依法公開開庭審理，公訴人和辯護人到庭參加訴訟。部分群眾、國家工作人員和人大代表、政協委員到庭審現場旁聽。賴昌星的部分親友也參加了旁聽 。