1、屬性區別。藍印戶口是暫住戶口，紅印戶口是常住戶口；
2、年檢要求。藍印戶口每年須進行年檢，不符合年檢的，公安局給予註銷。紅印戶口則不需要；
3、年限不同。藍印戶口的時限為7年，如無違法犯罪被勞動教養或判處刑罰、違反計劃生育政策規定，滿2年後，由本人提出申請，經市公安機關批準，轉為常住城鎮居民戶口。紅印戶口不設年限。
藍印戶口人員在入托、入園、義務教育和普通高中、職業高中教育、計劃生育、醫療衛生、就業、申領營業執照等方面享受當地常住城鎮居民戶口人員同等待遇；藍印戶口的時限為7年，如無違法犯罪被勞動教養或判處刑罰、違反計劃生育政策規定，滿2年後，由本人提出申請，經市公安機關批準，轉為常住城鎮居民戶口。藍印戶口不是常住戶口，取得藍印戶口者，每年須進行年檢，不符合年檢的，公安局給予註銷。而藍印戶口在轉為常住戶口前，原所在地常住戶口並不註銷。
法律依據：《中華人民***和國戶口登記條例》第四條
戶口登記機關應當設立戶口登記簿。
城市、水上和設有公安派出所的鎮，應當每戶發給壹本戶口簿。
農村以合作社為單位發給戶口簿；合作社以外的戶口不發給戶口簿。
戶口登記簿和戶口簿登記的事項，具有證明公民身份的效力。