清文宗鹹豐六年（太平天國丙辰六年，公元1856年）九月，在擊破清軍的?江南大營?，解除長達三年之久的?天京之圍?後，太平天國發生內訌。天王洪秀全密令在西征前線指揮作戰的北王韋昌輝暗地回京，以?謀逆?的罪名誅殺了東王楊秀清，同時屠殺了天京城中的太平軍將士兩萬余人，這就是太平天國歷史上著名的?天京之變?。
天京之變是太平天國由盛而衰的轉折點。在這次變亂中，太平軍的軍事總負責人楊秀清身首異處，兩萬天國精銳將士魂歸黃泉。而楊秀清死後，洪秀全為了平息眾怒，又先後處死了事變責任人韋昌輝、秦日綱、陳承瑢等人。連續的內訌讓太平軍元氣大傷，從此，太平軍再也無力與清政府逐鹿天下，只能偏安壹隅。而這次事變的導火索，則源於楊秀清的?逼封萬歲?壹事。
在攻破清軍的江南大營後，誌得意滿的楊秀清急劇膨脹，用屢試不爽的?天父上身?手段，逼迫洪秀全封自己為?萬歲?。楊秀清作為臣子，竟行此?大逆不道?之事，終於讓忍氣吞聲多年的洪秀全起了殺心。那麽，作為臣子的楊秀清為何能逼迫自己的君主洪秀全呢？這要從太平天國的權力結構說起了。
清宣宗道光二十七年（公元1847年），正在廣西紫荊山地區宣傳拜上帝教的馮雲山被當地鄉紳王作新告發，鋃鐺入獄。洪秀全仿徨無計之下，潛回廣東老家，以圖東山再起。此時，已經在紫荊山地區初具規模的拜上帝教壹時群龍無首，面臨分崩離析的危險。危急關頭，出身貧寒的教徒楊秀清和蕭朝貴站了出來，力挽狂瀾。他們分別假借天父、天兄上身，以天父、天兄的名義穩定了教眾，令拜上帝教轉危為安。
天父，即上帝耶和華，天兄，即耶穌。從此，楊秀清和蕭朝貴成了天父、天兄的代言人，取得了拜上帝教實際上的領導權。當馮雲山和洪秀全先後歸隊後，楊秀清、蕭朝貴的地位已經不可動搖。於是，教主洪秀全實際上已經失去了權力，形同傀儡。而對宣傳發展拜上帝教居功至偉的馮雲山，則連退兩位，屈居第四。此時，拜上帝教的領導階層初步形成。
拜上帝教規定，上帝耶和華為天父，是萬民主宰，是天國至高無上的神。上帝之子耶穌為天兄，洪秀全、馮雲山、楊秀清、蕭朝貴、韋昌輝分別為上帝的二、三、四、五、六子，是日後建立太平天國時的最高領導。
我們看到，按照這個順位，洪秀全、馮雲山的地位應該是位於前兩位的，但楊秀清和蕭朝貴卻有著天父、天兄代言人的特殊身份。當太平軍攻克永安後，楊秀清被封為左輔正軍師，蕭朝貴被封為右弼又正軍師，馮雲山被封為前導副軍師，韋昌輝則被封為後護又副軍師。由於太平軍實行的是?軍師負責制?，所以，楊秀清、蕭朝貴實際上取得了太平軍的領導權。
鹹豐二年（公元1852年，太平天國壬子二年），馮雲山、蕭朝貴先後戰死。此時的楊秀清以天父代言人、東王、前輔正軍師的身份獨攬大權，成為太平軍實際上的掌控者。韋昌輝、石達開二人無力與之抗衡，只能唯楊秀清之命是從。而名義上的領袖洪秀全，則成為楊秀清手中的提線木偶。此時的楊秀清逐漸驕橫起來，他頻頻以?天父?的名義，對洪秀全進行訓誡。甚至差點對洪秀全施以杖責，搞的洪天王惶惶不可終日。
而對於地位在自己之下的韋昌輝、石達開，楊秀清更是頻頻進行欺壓淩辱，尤其地位僅次於楊秀清的韋昌輝，曾經因為壹件小事，被楊秀清下令杖責，打得他數日下不了床。韋昌輝的哥哥曾經與楊秀清的小舅子發生土地糾紛，在楊秀清的逼迫下，他被迫親自下令處死兄長。長期的欺壓讓韋昌輝對楊秀清無比憎恨，隨時欲殺之而後快。而發生在1856年的這次?逼封萬歲?事件，給了韋昌輝復仇的良機。
接到洪秀全密詔後，韋昌輝馬不停蹄直奔天京。在天王洪秀全的暗中支持下，韋昌輝血洗東王府，毫無戒備的東王楊秀清和屬下的五千東王府將士慘遭殺害。同時，韋昌輝以處決?東逆?余黨的名義，在天京城中大開殺戒，兩萬余名身經百戰的太平軍將士死於內訌。此時，與韋昌輝同奉天王密詔的翼王石達開回京，對韋昌輝濫殺無辜的行為極為不滿，韋昌輝大怒，對石達開亦起了殺心，石達開倉皇逃出天京。
韋昌輝的濫殺終於激起了眾怒，天國臣民紛紛上書洪秀全，要求誅殺韋昌輝以謝天下，利令智昏的韋昌輝狗急跳墻，竟然率軍攻打天王府，將自己送上了壹條不歸路。韋昌輝被處死後，洪秀全為楊秀清平反，石達開也被尊為?義王?。此時的洪秀全終於擺脫了楊秀清的夢魘，成為太平天國真正的領導者。而義王石達開則晉升為第二位，負責處理天京城的政務。石達開精明能幹，很好的處理了?天京事變?的余波，將變亂的危害性降至最低。
此時太平天國的權力結構，我們可以稱之為?洪石?體系。在這個體系下，天王洪秀全掌控全局，是天國的最高領袖。義王石達開則統攝朝綱，行使的實際上是宰相之權。應該說，這個時期的太平天國，雖然元氣大傷，但在政治上是頗為開明的，權力結構也是相對健康的。但此時的洪秀全已經被楊秀清的專權嚇破了膽，他對石達開投鼠忌器，懼怕對方做大而威脅自己的地位。於是，他將自己的兩個哥哥洪仁發、洪仁達分別封為安王、福王，對石達開進行鉗制。
結果安、福二王昏庸無能，遭致天國臣民的指責，而感到自己不被信任的石達開，也對洪秀全頗為心寒，選擇了率部出走，本就元氣大傷的太平軍進壹步分裂，走上了滅亡的道路。