拜仁慕尼黑足球俱樂部是由壹個名為MTV1879的當地體操俱樂部的部分成員創建的。這些喜愛足球的成員因不滿不被允許加入德國足協，於是決定離開俱樂部，並在1900年2月27日傍晚創建了拜仁慕尼黑足球俱樂部。在創建後的短短幾個月，拜仁慕尼黑就以大比分戰勝多個同城競爭對手，壹舉殺入了1900-01賽季的南德足球錦標賽（South German championship）的半決賽。
在接下來的幾年中，拜仁獲得了多個當地聯賽的冠軍獎杯，並於1910-1911賽季加入了當地新創建的聯賽——“Kreisliga”，這也是巴伐利亞的第壹個地區級聯賽。拜仁獲得了聯賽創辦初年的冠軍，不過，直到1914年第壹次世界大戰開始以前，拜仁才再次獲得了該項賽事的錦標。壹戰中，德國所有的足球賽事都陷入停頓。
壹戰結束後的那幾年，拜仁慕尼黑獲得了幾個地區級別比賽的冠軍。1926年，球隊奪得了歷史上第壹個南德冠軍，兩年後，他們再次取得了這壹成就。
1932年，拜仁首次在國家級聯賽中登頂，當時的教練理查德·科恩率隊擊敗了法蘭克福獲得了德國聯賽冠軍。二十世紀三十年代，希特勒政權的到來打亂了拜仁發展的步伐，同為猶太人的球隊主席以及教練只好逃離德國。俱樂部的其他壹些球員也遭到了清洗，拜仁被嘲諷為“猶太人的俱樂部”。在接下來的幾年當中，拜仁無法繼續參與全國冠軍的競爭，在當地聯賽中也僅僅排名中遊。 拜仁在德甲的第壹個賽季最終排名第三位，並且獲得了德國杯賽的冠軍，這使他們有資格進入下壹個賽季的歐洲優勝者杯。次年在歐洲優勝者杯決賽中，依靠弗朗茨·羅特在加時賽中的進球，拜仁1比0力克蘇格蘭球隊格拉斯哥流浪者足球俱樂部奪得了冠軍。1967年，拜仁成功衛冕德國杯，但球隊在其他戰線發揮不佳。1968年，南斯拉夫人布蘭科·澤比奇接過帥印，他對紀律的要求非常嚴格，這為拜仁帶來了良好的成績，他在僅僅使用13名球員的情況下，帶領拜仁取得了德國足球歷史上第壹個德甲聯賽和德國杯雙冠王。
從1970-1971賽季起，烏多·拉特克開始執掌球隊。在他執教的第壹個賽季，拜仁就捧起了當年的德國杯。
接下來的1971-1972賽季，拉特克為球隊帶來了歷史上第三座德甲冠軍獎盤。對陣沙爾克04的關鍵戰役，是拜仁在慕尼黑奧林匹克體育場進行的第壹場正規比賽，也是德甲第壹次使用直播技術。這場比賽，拜仁5比1大勝對手，並創下了諸如歷史得分最多和進球最多等多項記錄。拜仁在接下來的兩年實現了三連冠的偉業，並且在1974年歐洲冠軍杯決賽的重賽中4比0橫掃馬德裏競技，奪得冠軍。
隨後幾年，拜仁在國內聯賽並不順利，只是在1975年歐洲冠軍杯決賽中擊敗利茲聯捍衛了自己在歐洲的地位。次年的歐洲冠軍杯決賽，拜仁打敗了法國球隊聖埃蒂安足球俱樂部，連續三年在歐洲賽場有所作為。同年拜仁捧得了豐田杯的冠軍。在接下來的幾年中，拜仁卻再也沒有獲得任何比賽的錦標，弗朗茨·貝肯鮑爾也遠赴紐約宇宙進行發展。1979年，塞普·邁耶和烏利·赫內斯宣布退役。 20世紀80年代是拜仁慕尼黑的動蕩時期，球隊經歷了許多人員變化以及財政問題。保羅·布萊特納和卡爾·海因茨·魯梅尼格成為了球隊的靈魂，他們帶領球隊在1979-80賽季以及1980-81賽季的聯賽中捧起了冠軍獎盤，拜仁在那壹時期也被稱為“布萊特尼格”隊（FC Breitnigge）。
在此後的兩個賽季拜仁僅僅獲得了1982年的德國杯。
1983年，烏多·拉特克再次執教球隊，布萊特納同期宣布退役。
1984年，拜仁再獲德國杯冠軍，並且在6年中5次奪得各項賽事錦標，包括了1985-86賽季的聯賽和德國杯的雙冠王。但在這10年中，拜仁在歐洲賽場上並沒有太多優異表現，只是在1982年和1987年獲得了歐洲冠軍杯的亞軍。
1987年，尤普·海因克斯成為了拜仁的主教練。在1988-89賽季以及1989-90賽季的兩連冠後，拜仁的成績開始出現下滑。在1990-91賽季屈居亞軍後，1991-92賽季拜仁僅僅排名第10，領先降級區5分。1993-94賽季後半段，當時的主席貝肯鮑爾親自出馬，接過了拜仁的帥鞭，帶領球隊在沈寂四年之後重新捧起德甲冠軍獎盤。
在此之後，繼任的喬瓦尼·特拉帕托尼和奧托·雷哈格爾並沒有像俱樂部所期待的那樣，只是分別在拜仁度過了壹個碌碌無為的賽季。由於當時拜仁球員通常登上八卦新聞版面而非體育新聞，拜仁被戲稱為“綠茵好萊塢”(FC Hollywood)。在1995-96賽季接近結束時，貝肯鮑爾作為代理教練暫時掌管了拜仁，球隊隨後奪得了1995-96賽季歐洲聯盟杯，決賽中他們擊敗了波爾多。1996-97賽季，特拉帕托尼重返球隊並帶領拜仁捧起了當年的德甲冠軍獎盤。但在接下來的壹個賽季，拜仁在冠軍爭奪戰中輸給了雷哈格爾帶領的升級馬凱澤斯勞滕，特拉帕托尼也再次離開了俱樂部。 在1998-2004年間，拜仁由奧特馬·希斯菲爾德執教。在他執教的第壹個賽季，拜仁獲得了當年的德甲聯賽冠軍，歐洲冠軍聯賽冠軍也幾乎到手，只是在全場領先的情況下被曼聯傷停補時階段的兩粒進球所擊敗。在1999-00賽季，拜仁獲得了歷史上第三個聯賽和德國杯賽雙冠王。
2000-01賽季，拜仁直到聯賽的最後壹輪才確定取得連續第三個德甲冠軍，當時在聯賽最後壹輪，在比賽進行到90分鐘卻被對手漢堡足球俱樂部射手謝爾蓋·巴巴雷茨攻破球門，使得冠軍就要旁落的不利情況下，憑借帕特裏克·安德森在補時階段最後時刻的禁區內間接任意球逼平漢堡隊，在最後時刻奪得德甲冠軍。不久之後，拜仁在歐洲冠軍杯決賽上依靠點球擊敗了瓦倫西亞足球俱樂部，在時隔25年之後重新捧起歐洲冠軍杯。
2001-02賽季初，拜仁獲得了豐田杯的冠軍，但之後球隊在其它賽事乏善可陳。
2002-03賽季，拜仁獲得了球隊歷史上的第四個聯賽和德國杯雙冠王，領先第二名斯圖加特16分的成績也創造了德甲聯賽的歷史，同年拜仁參加了西亞海灣邀請賽，遭遇替補出賽的中國冠軍大連實德，拜仁最終3-1取勝，這也是拜仁在中國球隊身上丟的第壹個失球。
希斯菲爾德的王朝在2004年終結，該年拜仁的表現令人失望，並且在德國杯賽也負於乙級球隊亞琛足球俱樂部而止步不前。菲利克斯·馬加特接過了球隊的教鞭，並帶領拜仁獲得了兩個聯賽和德國杯賽雙冠王。在2005-06賽季開始之初，拜仁的主場由原來的奧林匹克體育場搬遷至了新的安聯競技場，新的球場同樣是與同城對手慕尼黑1860足球俱樂部***同擁有。拜仁在2006-07賽季的表現並不穩定，聯賽表現不佳並且在德國杯賽再次輸給了亞琛，馬加特也在冬歇期過後不久離開了帥位。
2007年1月奧特馬·希斯菲爾德重返球隊，但拜仁在2006-07賽季最終僅僅獲得了第四名的成績，首次無緣歐冠比賽，並且在其他戰線壹無所獲。在2007-08賽季賽季開始前，拜仁對球隊的陣容進行了大刀闊斧的改造和重建。球隊壹***簽下了8名球員並且出售、解雇或者外借了9名球員。其中，最重要的引援是從佛羅倫薩引進盧卡·托尼、從雲達不萊梅足球俱樂部引進米羅斯拉夫·克洛澤以及從馬賽引進了弗蘭克·裏貝裏。新的引援成功奏效，他們再次獲得了2008年的雙冠王，並從聯賽開始起就壹直占據榜首位置。
2008年1月11日，克林斯曼以希斯菲爾德繼任者的身份與拜仁慕尼黑簽約，他從2008年7月1日起主管球隊。拜仁在2008-09賽季迎來了壹個糟糕的開局，前6輪比賽中只勝2場，但之後穩步改進。在德國杯的四分之壹決賽拜仁被勒沃庫森擊敗；在歐洲冠軍杯中，拜仁也在總比分12-1擊敗了裏斯本競技足球俱樂部並創造了歐冠淘汰賽最懸殊比分記錄後，被巴塞羅那以5-1淘汰出局。4月27日，也是主場敗給沙爾克04並滑落至聯賽第3後，克林斯曼被迫下課，前來取代他的是老帥尤普·海因克斯，他的任期壹直到賽季結束。球隊最終獲得了聯賽第二名，順利晉級下壹賽季的歐洲冠軍聯賽。2009-10賽季，拜仁聘請了荷蘭名帥範加爾。並從皇家馬德裏引進了荷蘭小飛俠羅本。在2009-10賽季，拜仁雖開局不佳，不過在上半程後期狀態明顯回升，最終在冬歇期時獲得第三。在第33周聯賽中，拜仁以3-1擊敗波鴻，提早壹周奪得聯賽冠軍。而在當賽季的歐冠中，拜仁小組賽中獲得第二，並在淘汰賽中淘汰了佛羅倫薩，曼聯，裏昂並與國際米蘭會師決賽，最終以0：2不敵國際米蘭獲得亞軍。賽季拜仁也在德國杯中問鼎，煥然壹新的拜仁在賽季中與三冠王檫肩而過。
2011至2012賽季歐洲冠軍聯賽，拜仁慕尼黑在主場迎戰切爾西，鏖戰120分鐘1:1平局收場，只能進入殘酷的點球大戰，最終以總比分4:5（點球3：4）惜敗，奪得2011-2012賽季歐洲冠軍聯賽亞軍。 2013賽季，拜仁就是為創造紀錄而生的，在聯賽中提前6輪獲得德甲冠軍，創造了德甲50年歷史中最快的奪冠紀錄，在德國杯半決賽中以6-1橫掃狼堡後，他們第19次殺入德國杯的決賽，而在比賽中戈麥斯6分鐘完成帽子戲法讓他與荷蘭足壇名宿巴斯滕比肩。
2012-13歐洲冠軍聯賽繼續半決賽第二回合的較量，巴塞羅那主場迎戰拜仁慕尼黑。首回合較量中，拜仁主場4-0大勝對手。最終，羅本和穆勒建功，加上皮克的烏龍球，拜仁3-0客場再勝，總比分7-0晉級決賽。拜仁第10次參加決賽，拜仁若能第5度封王將超越巴薩和阿賈克斯、齊平利物浦成為奪冠第3多的俱樂部，落敗則變作亞軍第壹大戶（拜仁、尤文、本菲卡都是5次亞軍）。
2013年5月25日歐洲冠軍聯賽決賽憑借羅本與曼祖基奇的進球拜仁慕尼黑隊2:1戰勝德甲勁旅多特蒙德隊第五次稱霸歐洲！
2013年6月1日德國杯決賽，拜仁慕尼黑在柏林奧利匹亞球場3:2戰勝了斯圖加特獲得德國杯冠軍。這樣，拜仁慕尼黑就成為歐洲第七支獲得“三冠王” 榮譽的球隊，同時也是德國第壹支獲得此榮譽的球隊！
2013年6月27日，拜仁慕尼黑官方宣布與隊中首發中場球員裏貝裏成功續約4年，這樣法國老將依然將身披拜仁戰袍迎接新帥瓜迪奧拉成為拜仁繼續創造輝煌的有力保障。
2013年8月30日，拜仁慕尼黑在布拉格伊甸園球場舉行的歐洲超級杯比賽中，兩度落後的情況下兩度扳平，並在最後點球大戰中以5-4擊敗歐洲聯賽冠軍切爾西隊，首次奪得歐洲超級杯冠軍。
2013年12月21日，世界俱樂部杯決賽，歐洲冠軍杯冠軍拜仁慕尼黑2比0戰勝東道主球隊拉賈·卡薩布蘭卡，獲得冠軍。同時，也以本年度“五冠王”的輝煌戰績完美收官。
2014年3月12日，2013-14賽季歐冠1/8決賽次回合拜仁慕尼黑主場1-1阿森納，拜仁總比分3-1淘汰槍手。這是歐冠改制後，德甲巨人第13次晉級歐冠八強，槍手則連續4個賽季止步16強賽。第55分鐘，施魏因斯泰格先拔頭籌；第57分鐘，波多爾斯基勁射得分；傷停補時階段，羅本贏得點球，穆勒罰失。2014年3月25日，因逃稅案被判入獄3年半的拜仁主席赫內斯已辭掉拜仁慕尼黑俱樂部所有職務。
2014年3月26日，拜仁慕尼黑在客場以3比1輕取柏林赫塔隊，在聯賽還剩7輪的情況下領先排名第二的多特蒙德隊25分之多，提前衛冕德甲冠軍。拜仁在上賽季的基礎上更進壹步，在德甲51年歷史上首次三月份就捧起冠軍獎盤。
2015年12月21日，拜仁傳來好消息！四名巨星同俱樂部完成續約！阿隆索與拜仁續約至2017年，而博阿滕、馬丁內斯和穆勒都將自己的合約延長到了2021年！