這是用來觀察細胞結構的，經硼砂甲苯胺藍染色的半薄切片經光鏡觀察可把組織細胞核被染色成深藍色，胞漿被染成淡藍色，結構層次清楚，包埋劑沒有著色。
甲苯胺藍是常用的人工合成染料的壹種，屬於醌亞胺染料類，這類染料壹般含有兩個發色團，壹個是胺基，壹個是醌型苯環，來構成色原顯色。染料除了有發色團外，還要有能使色原對組織及其他被染物產生親和力的原子團即助色。
助色團能促使染料產生電離成鹽類，幫助發色團對組織產生染色力， 使切片上的組織細胞著色。甲苯胺藍不僅含有兩個發色團，還含有兩個助色團，為堿性染料，甲苯胺藍中的陽離子有染色作用，組織細胞的酸性物質與其中的陽離子相結合而被染色。