排名對象
“中國最好大學排名”的排名範圍是教育部公布的全國普通高等學校名單（2015年5月21日公布）中，1216所辦學層次為本科的大學。這其中公辦大學793所、民辦大學140所、獨立學院283所。
“中國最好大學排名˙綜合排名”的排名對象是1216所大學中同時符合以下條件的大學： 在高考文史類、理工類本科批次招生人數不少於100人（2014）； 已有本科畢業生且正式公布本科畢業生就業率（2014）； 近5年發表論文總數超過500篇（2010-2014）； 企事業單位委托的科技經費與技術轉讓當年實際收入之和不小於200萬元人民幣（2013）。 指標體系 指標類別指標名稱指標內涵權重人才培養 （45%）生源質量（新生高考成績）錄取新生的高考成績30%培養結果（畢業生就業率）本科畢業生的就業率15%科學研究 （40%）科研規模（論文數量）Scopus數據庫收錄的論文數10%科研質量（論文質量）學科標準化後的論文影響力10%頂尖成果（高被引論文）被引用次數位居各個學科世界前1%的論文數10%頂尖人才（高被引學者）各個學科被引用次數最高的中國學者數10%服務社會 （15%）科技服務（企業科研經費）企事業單位委托的科技經費數5%產學研合作（校企合作論文）大學與企業聯合發表的論文數5%成果轉化（技術轉讓收入）大學技術轉讓當年實際收入5%計分方式
計算單項指標得分時，令該項指標表現最好的大學為100分，其它大學按其與最高值的比例得分，壹所大學的總得分由各單項指標得分加權得出。 中國最好大學排名從指標評價內容的重要性和指標本身的適切性角度出發精選了9項指標構建指標體系。其中人才培養方面2項，即反映生源質量和人才培養聲譽的“新生高考成績”、反映培養結果的“畢業生就業率”；科學研究方面4項，分別是體現科研規模的“論文數量”、體現科研質量的“論文質量”、體現頂尖成果的“高被引論文”、體現頂尖人才的“高被引學者”；服務社會方面3項，包括測量科技服務貢獻的“企業科研經費”、測量產學研合作的“校企合作論文”、測量成果轉化效益的“技術轉讓收入”。排名負責人程瑩博士指出，“中國最好大學排名指標選擇的導向是反映學生、雇主、學者、企業等大學服務對象對大學的‘集體判斷’，充分體現了排名作為第三方市場評價的獨特價值。”
在綜合排名以外，最好大學網還發布了所有指標的單項排名。“生源質量”指標排名顯示，國內頂尖學生優先報考的依然是清華大學和北京大學，首年招生的中國科學院大學排名第3，其次是中國人民大學、南京大學、上海交通大學、復旦大學、中國科學技術大學、浙江大學和南開大學。前20名中也有中央財經大學、上海財經大學等財經類院校以及外交學院、北京外國語大學這些特色大學。新成立的地方高校上海科技大學首年招生，生源質量就躍居第48名。民辦大學中排名前列的都是中外合作辦學的大學，其中上海紐約大學排名最高，位列第33名，香港中文大學（深圳）第39名，寧波諾丁漢大學、西交利物浦大學、溫州肯恩大學、北京師範大學-香港浸會大學聯合國際學院分別排在第101、第133、第200、第260位。
中國最好大學排名的科研指標來自全球最大的文獻摘要數據庫Scopus，愛思唯爾集團科研解決方案內容與分析全球總監M'hamed Aisati先生指出，“中國在科研產出和科研影響力方面持續增長，愛思唯爾旗下的Scopus數據庫和Scival分析工具可以全方位評價高校的科研表現，我們將中國高校的有關數據提供給在大學排名領域具有國際影響力的上海軟科來開發‘中國最好大學排名’，希望排名結果對中國高校實施戰略管理和制定科研政策產生積極貢獻。”“科研規模”指標排名中，最近5年被收錄論文最多的五所大學依次為浙江大學、上海交通大學、清華大學、北京大學和四川大學；“科研質量”指標排名顯示標準化論文影響力高於世界平均水準的中國大學有55所，排名第壹的是中國科學技術大學；“高被引論文”指標排名中，清華大學、北京大學依然位居前兩名，浙江大學、上海交通大學、復旦大學、中國科學技術大學、南京大學、華中科技大學、哈爾濱工業大學、中山大學分別位列3-10名;“高被引學者”指標排名中，清華大學以109人位居中國大學榜首，北京大學、浙江大學、上海交通大學和復旦大學均擁有50位以上的高被引學者，分列第2至5名。
中國最好大學排名包括了對高校服務經濟發展的能力和效果的評價。“企業科研經費”指標排名中，排名最高的是哈爾濱工業大學，年度企業科研經費達14億元，天津大學以13.6億元緊隨其後，清華大學、北京航空航天大學、四川大學都紛紛跨入了10億的大門。“校企合作論文”指標排名顯示，中國石油大學（北京）以1459篇名列中國大學第壹，清華大學以1187篇緊緊跟隨，上海交通大學、中國地質大學（武漢）、浙江大學分別位列第3到第5名。“技術轉讓收入”指標排名顯示，技術轉讓收入最多的是清華大學，為5.9億元，第2名合肥工業大學為2.5億元，東南大學、上海交通大學分別排在第3、第4名，福州大學2016年首次進入該榜，就以0.83億排第5名。
上海市入圍榜單百強的高校除了上海交大（4）、復旦大學（5）之外，還有同濟大學（13）、華東理工大學（30）、華東師範大學（34）、上海大學（46）和東華大學（51）。湖南省入圍全國百強的高校則為中南大學（27）、湖南大學（31）、湘潭大學（87）。作為湖南四大名校（中南、湖大、湘大、湖師大）之壹的湖南師大首次落選百強。
上海交通大學高等教育研究院院長劉念才教授認為，“中國最好大學排名和大多數排名相比的壹個顯著優勢是公布了排名的原始數據，使得排名完全透明，體現了排名團隊對排名結果負責、主動接受外界檢驗的嚴謹態度，也提高了排名結果的參考價值，值得稱贊。”