南北朝在現代的歷史學術研究中是比較有爭議的，主要有兩個問題。壹是“尊氏逆臣論”：很多人認為室町幕府的開創者足利尊氏是朝廷的“亂臣賊子”，是大逆不道的人。昭和九年是後醍醐天皇建武新政（1334年）的六百周年紀念日，壹部分軍人、歷史學家就趁機擺出後醍醐和南朝各位忠臣的英烈事跡大肆表彰，以此宣傳擁護天皇制度的思想。與此持相反意見的學者立刻提出指責，引起了激烈的辯論。第二個是“南北朝正統論”：所謂天無二日，地無二王，兩統並立，其中肯定有壹方是“正統”，另壹方是“偽朝”；比如南朝正統論者就堅持說現在的天皇是奪取了南朝皇位的北朝子孫，但這個問題是比較嚴肅的政治問題，不是隨便辯論壹下就行的。明治時期的歷史教育的教科書裏就曾經把南北朝這章定名為《吉野的朝廷》（南朝），從而引發軒然大波，現在則統壹稱為《南北朝的時代》。
從元弘之變開始，就預示著壹個新時代的到來。首先是日野資朝和俊基兩位朝臣獻身，但他們卻留下了不朽的辭世之句：“五蘊假成形，四大今歸空，將首當白刃，截斷壹陣風。”（資朝）“古來壹句，來死無生，萬裏雲盡，長江水清”（俊基）。
不久，正成順應了時代，在千早舉兵。緊接著義貞之攻陷鐮倉，高氏之倒戈，再加上像菊池那樣的豪族拼死的抗戰，加速並最終滅亡了鐮倉幕府。可憐北條壹門，從賴朝舉兵始，榮華百余年，最後只是證明了“盛者必衰”的道理。 但充滿野心，也可以說是順從了武士意願的尊氏，利用中先代之亂，又謀殺護良親王，最終將南朝方趕出京都。雖然楠木新田壹度打回京都，但還是湊川壹戰，正成正季互刺報國。形勢逐漸倒向北朝，北田顯家敗死和泉阿倍野，義貞敗死越前藤島，後醍醐駕崩，“南朝諸葛”脅屋義助病死伊予國府。這時好像勝負已分，但正行的出現和在藤井寺，天王寺兩敗細川顯氏，山名時氏，赤松兄弟等諸多名將，再次燃起了南朝的希望。而正行與南朝的當權者親房的不和，最終導致這位“優秀的年輕人”與弟正時在四條啜追尋了父輩們。
高師直燒毀吉野行宮這壹破壞文物之罪行最終受到了懲罰，和師泰被誅殺，害死這對兄弟的直義也沒遭好報。被逼交出神器的南朝，又受到了楠木家族的眷顧。楠木正儀和北田顯能將義詮趕出京都。而義貞的遺兒義宗義興兄弟也壹度打跑了尊氏，但在日後的金井原，入間川原卻遭慘敗。
隨著山名時氏，足利直冬，楠木正儀的反復無常，南北便開始了拉鋸戰。（山名也大概因為這樣，才得到的“六分之壹殿”的“美稱”吧）但因為義滿的出現，使南朝妄圖再次輝煌的夢想落了空。楠木正勝數度舉兵，新田義隆，脅屋義則的奧州後南朝，與之呼應的大內義弘，企圖暗殺義教的楠木光正，還有菊池武朝，楠木正之，北田滿雅，武田信長和小倉宮良泰親王等等，均告失敗，未能撼動業已強大的室町幕府。但他們卻使北朝壹直苦於征戰，縮短了足利幕府的壽命，又把它推向了死亡。
鐮倉幕府末期，北條政權日益腐敗衰弱，內部爭權奪勢的鬥爭不斷，又適縫兩次的蒙古襲來，對大戰後有功的武士不能進行封賞，使得幕府的威望大幅下降。各地的農民百姓也紛紛起來，結成黨派反抗領主（俗稱“惡黨”）。
另外，幕府與皇室的矛盾也日益尖銳了。鐮倉幕府設立初期，為了鞏固武家政權、限制皇室而設立了“六波羅探題”，其作用就是為了監視朝廷的動靜並對其進行幹涉。象天皇繼任的人選啦，取什麽年號啦，鐮倉幕府都得管。公元1259年，後嵯峨天皇排除長子後深草天皇，而讓次子龜山天皇繼任皇位，從而使兩個天皇產生對立，即“持明院統”（後深草天皇）和“大覺寺統”（龜山天皇）。兩個派別不斷的為了皇位問題激烈鬥爭，而仍未覺悟自身危機的幕府則自以為是的在當中進行“調停”。不調還好，越調越亂，大覺寺統壹方就認為幕府偏袒持明院壹方，於是就開始暗中反對幕府。1318年，倒幕的主角登場了----大覺寺統的後醍醐天皇即位了！（附兩統輪流即位順位圖）
後醍醐天皇不愧是勇於改革、具有武將精神的天皇。當政後立刻開始準備倒幕計劃。正好，此時北條幕府執權的是非常昏庸的北條高時，他不問政治，日夜沈迷欲遊宴、鬥犬，被人們稱作“狗將軍”。這正是後醍醐等人的絕好機會。
可惜幕府的勢力依舊廣泛，耳目眾多，討幕計劃敗露了。天皇的兩位心腹謀臣日野資朝、俊基勇敢的把罪責攬到自己身上，使後醍醐免於受難。這就是公元1324年（正中元年）的正中之變。不久，後醍醐天皇又開始了第二次計劃，這回吸取了經驗教訓，暗中聯絡各地勢力，對皇室和貴族莊園領土的武士和延歷寺和興福寺的僧兵勢力進行活動。可是1331年，由於重臣吉田定房向六波羅探題告密，計劃再次失敗。這下幕府不再放過後醍醐了，後醍醐也不坐以待斃，立刻逃往奈良，躲進了笠置山。幕府壹面下令追捕，壹面討殺所有參與討幕計劃的貴族和武士。其中以河內的金剛山麓為根據地的土豪，以武藝智謀聞名的楠木正成，首先支持天皇而舉兵，倨著赤阪城的險要地勢率微弱兵力與幕府大軍作戰！（先祖登場！）在赤阪陷落之後，又在金剛山千早築城再次舉兵。後醍醐天皇被捕之後，在幕府強迫下，把天皇之位讓給了政敵持明院統的量仁親王（即光嚴天皇），然後被流放到隱歧島去了。
這樣看來倒幕運動似乎失敗了，其實不是。後醍醐天皇公然舉起倒幕旗幟，只是倒幕運動的發端，其後在楠木正成為代表的近畿武士的奮戰下，暴露出了幕府的無能，全國各地的勢力紛紛而起，和地頭領主對抗，原本是後醍醐壹派的政治鬥爭漸漸轉變成了全國的民眾性起義運動！
1333年，播磨的赤松則村（太平記中的圓心）舉兵；伯耆的土豪名和長年救出了流放在隱歧島的後醍醐；而且在四月末，為了討伐後醍醐軍而從關東西上的幕府大將下野足利高氏（後來受後醍醐賜字，改名尊氏）突然在中途舉行叛變，搖身壹變成了倒幕軍的主力！（顛覆歷史的另壹個大頭登場了，室町幕府的開創者足利尊氏，不過說實話本人對他沒有好感。）
頓時，形勢逆轉！在京都的幕府軍遭到三方夾擊，大敗。六波羅的南北兩個探題打算帶著後伏見、花園、光嚴三個天皇到關東鐮倉老家去避避難，結果南探題北條時益在近江關山中了埋伏丟了性命。北探題北條仲時也遭到了同樣的命運。與此同時，上野的豪族新田義貞（又壹個強將！足利尊氏的鄰居，後面會講到二者的關系）率領東國武士集團攻入了幕府本處地鐮倉，5月22日鐮倉陷落。再接著，九州的島津、大友、少貳等有實力的地方守護毫不費力的打倒了九州探題，各地的幕府勢力都被推翻。由源賴朝創立、北條氏篡權的鐮倉幕府百年基業瞬時土崩瓦解！
後醍醐天皇下定決心討幕了。親政之後，他就設置了記錄所等機構，意欲總攬政權。
朝廷中有日野資朝和日野俊基兩個年輕人，他們才學精深有都出自名門，很受後醍醐的器重。大家經常聚在壹起討論天下的形勢，徹夜不眠的研究宋學。俊基和資朝血氣方剛，又是從小在門閥權勢之中長大，崇尚宋代儒學的“思想政治與社會秩序統壹”和“大義名分論”，在言談中提及自己想要開辟貴族社會的野心。於是二人成為天皇身邊的心腹謀臣，***同商討對付北條氏的策略。同時朝廷中還有中納言四條隆資、大納言藤原師賢、參議平成輔加入其中，這樣就有五個人了。
當然倒幕不是光紙上談兵就夠的，若要武力倒幕就必須有武士的加入。日野資朝就向後醍醐引見了正在京中的美濃國武士土岐十郎賴貞和多治見國長兩人。
參與這個計劃的人要擔負極大的危險，為了測試壹下大家的心意和團結現在來之不易的眾人，後醍醐天皇舉辦了壹次叫做“無理講”的遊宴。參加者有上面提到的師賢、隆資、俊基、資朝；公家洞院實世；僧侶遊雅、玄基；武士足助次郎重成、多治見國長，這就是第壹次討幕的主力陣容了。
誰知道後來發生了巨變。1324年9月19日的清晨，京都六波羅軍隊突然出動，壹支包圍了在錦小路高倉的多治見國長的住所，另壹支則撲向三條崛河的土岐賴貞的住所。因為是在京都的別館，二人除了隨身護衛之外沒有多少兵馬，進行了微弱的抵抗後就全體自刃身亡。很顯然，討幕的計劃敗露了，幕府占據了先機。在後來得知，原來是土岐賴貞的同族，左近藏人土岐賴員把計劃泄露給了六波羅的奉行齋藤俊幸。
在當天夜裏，資朝和俊基也被六波羅傳喚並拘留了，之後就被送往鐮倉。在審訊過程中，兩人壹口咬定這件事與天皇完全無關，是土岐和多治見想通過他們慫恿天皇，意圖不軌；後醍醐天皇也派遣萬裏小路宣房帶著自己“毫不知情”的聲明出使鐮倉。幕府經過了將近壹年的調查，也確實找不到更進壹步的證據，第二年的八月，俊基被赦免釋放了，資朝則免於死罪，被流放到佐渡。
這件事情就這樣結束了。因為發生在元亨四年（1324），而這壹年的十二月又改元為正中元年，所以後人就稱其為“正中之變”，在史書中的記載稱為“主上禦謀反”。
後醍醐天皇雖然幸免得脫，但天皇有反幕之意已是公開的秘密，幕府對他的監視也嚴密起來。另壹方面，此時的皇太子邦良親王與天皇不和，原來的後盾後宇多法皇也過世了，所以現在急著想趕後醍醐下臺，自己接任。
又壹年過去了，到了1326年3月，倒黴的邦良親王病死了。但立新太子的問題又接踵而來：原本按照幕府所謂的“兩統叠立，輪流繼位”的原則，大覺寺統的後醍醐天皇之後應該由持明院統的某人接任，但強硬的後醍醐絲毫不退讓，想要自己的皇子尊良親王為皇太子。新壹輪的皇位爭奪戰拉開了帷幕。持明院方已經退位的後伏見和花園兩位上皇，為了自己的後代能壓倒對方，都堆起笑臉討好幕府執政北條高時。終於在幕府的幹涉下，持明院統量仁親王被立為皇太子，大覺寺統的後醍醐心中則燃起對北條氏無限憎惡的熊熊火焰…
正中之變以後，後醍醐天皇繼續策劃第二次討幕。
1330年3月8日，後醍醐到奈良的春日社、東大寺、興福寺等各處行幸，其真正目的是要聯絡京都附近的僧兵力量。27日，天皇又到比壑山延歷寺行幸，表面上也是要捐資修建大講堂，實際是為了見壹個人——天臺座主尊雲法親王。（這個尊雲法親王是後醍醐出家的兒子，世間稱作“大塔宮”，在日後的倒幕運動中還俗，改名護良親王，最後亦為了新政而死。）
經過“南都”、“北領”的兩次行幸，安排了討幕的兵力後援，正式舉兵的時機日益成熟了。而就在這時，天皇接到了壹個“討幕不可論”的奏折。寫奏折的是天皇的乳父兼重臣吉田定房。他在奏折中說：“按現今幕府當權的形勢，想集結畿內的兵力就去對抗關東大軍是完全不可能的，強行進行的結果只能是白白犧牲；幕府已經對天皇不信任，如果再次失敗，天皇性命堪憂，皇室正統可能斷絕；不若等到關東（幕府）時運衰敗，兵力削弱之後再行舉兵。”
忍了三十多年再也忍不下去的後醍醐對這份奏折絲毫不予理會，繼續進行他的計劃。另外還需提壹下，在這幾年中，後醍醐結識了幾個僧人：醍醐寺僧正文觀、法勝寺元觀、凈土寺忠元等，這些人原來是在宮中祈禱皇妃順利生產的，後來天皇覺得挺靈驗，就留在身邊為他日夜祈禱討幕順利發展、北條早日。