比如:設備管理系統，設備的種類、規格型號、權屬部門、安裝地點等等有上千種。MIS涉及的內容很多，要管理的內容，達到的效果，運行後的狀態，很難通過調查完全確定所有的內容。
壹方面，計算機技術人員掌握使用計算機技術的能力，計算機技術人員不可能在短時間內完全掌握原有的工作方法。
另壹方面，新工作模式的確定必然要經過用戶的反復實驗，不可能借助任何圖表或算法壹次確定，更不可能由計算機自動生成。有些系統調查需要幾周或者兩三個月的時間整理出大量的表格，看似很有收獲，但系統開發的決策者和組織者並不確定系統開發競賽能有什麽效果，會引起什麽變化。
在這種情況下，由計算機技術人員開始程序開發是非常盲目的，往往會導致系統開發的無序或失敗。？
2.太多的人為因素幹擾了信息系統的客觀性。
MIS成功的關鍵是人，是人的想法。管理信息系統的評價依據主要是管理信息系統的效果及其在企業生存和發展中的作用。事實證明，凡是信息化效果顯著的單位，素質都很好，都有壹支技術素質高、思想水平高、願意為推進信息化而不懈努力的骨幹隊伍。
系統開發過程中缺乏用戶和決策者的積極參與，導致系統的開發需求不明確。在企業的日常運營中，管理信息系統受人為因素的影響很大。有時候，領導決策者為了某壹方面的利益會施加壓力，使系統無法有效客觀地進行，從而影響信息系統的客觀性。
3.信息系統安全。
管理信息系統涉及大量的企業機密，尤其是在使用過程中依賴網絡的分布式系統，信息泄露給企業帶來的損失是不可估量的。在實際使用中，信息安全不容忽視，需要相關的配套技術、設備和人員。
另外，在使用過程中沒有認識到系統本身的重要性，系統的效率必然導致人力資源的冗余。考慮到多方利益關系，壹些企業寧願使用過多的人力，管理信息系統的真正效率無法體現。