政府職能部門實行垂直管理，就意味著脫離地方政府管理序列，不受地方政府監督機制約束，直接由省級或者中央主管部門統籌管理“人、財、物、事”。不同部門的垂直管理機制在具體運作過程中，還有很多差別，如部分業務職能局獨立出來實行垂直管理，不是全部事務實行垂直管理，垂直管理層延伸到地級市、區（縣）或者鄉鎮街道。實行垂直管理部門***同的特點就是垂直性、相對獨立性，業務運行基本上脫離同級政府的行政管理框架，封閉在系統的條條框架內，而且特別強調業務的敏感性和保密性。
電子政務的建設模式需要考慮垂直管理對其造成的影響。垂直管理和分級管理（即屬地化管理）孰優孰劣，電子政務不予以置評。但是垂直管理部門業務封閉性運行這個顯著的特點，必然對各級政府電子政務建設造成影響，需要加以綜合考慮。垂直管理部門在政府信息化建設方面有四個特點。
第壹，垂直管理部門的業務系統建設自成體系，業務系統經常由中央部委或者省級管理部門統壹派發，不太鼓勵基層部門自行開發***性的業務系統。第二，區（縣）這個級別的基層垂直管理部門常常充當數據采集的終端，為省級或者中央部委垂直管理部門業務系統提供業務數據保障服務，不過，基層部門可以查詢調閱省級或者中央部委業務系統的存檔數據和權限內的業務狀況。第三，多數垂直管理部門的業務網絡自成體系，還沒有通過政府外網或者內網與同級政府部門互聯互通，如果要與其他業務關聯部門交換數據，常采用新設孤立終端來倒換數據或者網閘擺渡的方法。第四，多數垂直管理部門屬於具有經濟管理或者行政執法權的強勢部門壹類，信息化建設經費相對而言比較充足，尤其是2002年正式確定金關、金卡、金橋、金財、金盾、金審、金保、金農、金質、金宏、金水等12金工程以後，信息化發展勢頭強勁，核心業務信息化的深度和廣度都取得不錯的進展，批評人士將此稱為信息化“煙囪”越建越粗，信息化的“川”字越描越剛勁有力。
單純從垂直部門自身的電子政務建設來看，這四大特點確實是推動了部門信息化進程，有利於推動部門核心業務的全面開展。但是，對於區（縣）或地級市這樣的地方政府而言，垂直部門業務系統和網絡平臺自成獨立體系，數據資源集中合留置在省級或者中央部委級業務系統中，不言而喻，地方政府的政務信息資源就日漸空殼化。