開始出現：129 來自黑衣組織的女子&大學教授殺人事件。
這集分兩個案子，第壹部分灰原哀轉入帝丹小學。然後少年偵探團接到委托尋找壹個男孩的哥哥，最後發現他哥哥被綁架制作偽鈔，最後關頭灰原哀拿起女主犯的槍射擊，引起警察的註意，解救了小男孩的哥哥。哀被警察責罵後裝哭，柯南負責把她送回家，路上哀向柯南說出自己是灰衣組織的人，並且是APTX4869的制作者。
第二部分是哀想起自己曾經把APTX4869的資料光盤連同姐姐的照片光盤送到壹個大學教授家，然後他們去那個教授家，發現教授死了……最後哀知道自己的姐姐就死在柯南的面前，在柯南面前大哭……
：其他出現的集數：
130~131 競技場脅迫事件。
135 消失的兇器搜索事件。
136~137 青色古城探索事件。
138~139 最後的上映殺人事件。
156~157 本廳刑事的戀愛物語2。
176~178 與黑衣組織的再會。
212~213 蘑菇、山熊和探偵隊。
230~231 謎壹樣的乘客。
233~234 無法消失的證據。
246~247 陷入網中的謎團。
279~280 迷宮的陰暗。