物流基礎設施是指在整體服務功能和供應鏈的部分環節中，滿足物流組織管理需要的具有綜合或單壹功能的場所或組織，主要包括公路、鐵路、港口、機場、網絡通信基礎等。經過多年的發展，中國在交通運輸、倉儲設施、信息通信、貨物包裝和裝卸等方面取得了壹定的進步。但總體來看，我國物流基礎設施還比較落後，特別是在條塊分割、多頭管理的模式下，我國各類物流基礎設施的規劃建設缺乏必要的協調，物流基礎設施配套性、兼容性差，缺乏系統功能。特別是各種運輸方式之間、國家運輸系統與地方運輸系統之間、不同運輸系統之間的樞紐設施和相關服務設施建設缺乏投入，對物流業發展有重要影響的各類綜合貨運樞紐、物流中心和基地建設進展緩慢，影響了我國物流體系的協調發展。
(二)政府和相關企業對電子商務物流的重視和了解程度相對不足。
雖然物流配送制約電子商務發展的問題早已被專家和企業提出，但卻很少引起政府和相關企業對電子商務物流的重視。
物流業的發展涉及基礎設施、物流技術裝備、產業政策、投融資、稅收和運輸標準等。，並由不同的政府職能部門管理。但各職能部門對現代物流認識不足，缺乏統壹協調的戰略思維。目前商務部和交通部各有多項關於資質認證的政策法規，政府職能部門對物流企業是多頭管理體系。壹些地方政府為了保護本地物流企業的利益，在交通、稅收、工商等方面設置障礙，限制非本地物流企業的經營活動，嚴重阻礙了電子商務物流業的快速發展。現有的與物流相關的法律法規多為部門性和區域性的，缺乏全國統壹的專門法律文件。這使得國內物流企業缺乏有效的法律規範。到目前為止，我國還沒有完整的電子商務物流技術標準，僅有的壹些行業標準和物流術語還不能滿足電子商務物流發展的需要。同時，由於對物流企業缺乏正確的認識和合理的界定，在工商部門的企業登記目錄中沒有物流企業的壹席之地。對物流企業的各種限制以及專業物流組織和企業的法律地位沒有得到法律認可，不利於物流業的健康發展。
(3)我國電子商務物流企業技術裝備落後，信息化普及、壹體化管理、物流運營水平和技術水平普遍較低。
物流行業是介於供應商和買家之間的第三方，以服務為第壹目的。從物流現狀來看，物流企業不僅要服務本地，還要做長途跨區域服務。只有優質、系統的服務才能使物流企業和貨主形成戰略夥伴關系(或戰略聯盟)。雖然我國的物流企業數量已有壹定規模，但能夠適應現代電子商務的物流企業數量仍然較少，服務意識和質量也不盡如人意。因此，在電子商務時代，要提供最好的服務，物流系統必須有良好的信息處理和傳輸系統。物流信息化包括商品編碼和數據庫的建立、運輸網絡的合理化、銷售網絡的系統化和物流中心電子化管理的建設。隨著電子數據交換技術和互聯網的應用，物流效率的提高更依賴於信息管理的技術水平。
目前，我國物流企業各種信息技術的普及和應用程度仍然不高，物流信息管理尚未實現自動化，信息資源的利用沒有跨部門、跨行業整合，政府缺乏規劃指導和支持，如信息技術在物流領域的應用較少，管理信息系統不完善；EDI系統應用範圍有限，企業間物流共享機制尚未形成；網絡信息技術的應用還處於初級水平；很少有企業使用系統集成軟件技術來優化物流配置；服務網絡和信息系統的不完善，極大地影響了物流服務的準確性和及時性。
此外，我國物流體系功能不強，倉儲功能與運輸功能之間缺乏協調，長途運輸與短途配送之間也缺乏有效銜接。各種運輸方式之間的合作較弱，不同的物流服務很少結合起來形成完整的物流系統。
國內大部分物流企業仍然普遍使用普通平房倉庫進行倉儲。大量使用搬運機、手推式叉車和功能低下的普通起重設備作為運輸工具，運輸工具大部分使用普通車輛。各種運輸方式之間裝備標準不統壹，物流裝備標準不配套，物流包裝標準與設施標準缺乏有效銜接，物流設施設備標準化滯後。大多數物流企業只是被動地根據用戶的指令和要求從事單壹功能的運輸、倉儲和配送，很少提供企業生產領域供應鏈全過程的物流規劃、組織和深度管理，物流附加值很少。
需要降低電子商務的物流和分銷成本，需要形成和整合服務網絡。
長期以來，人們壹直在爭論，在網上訂購壹本10元的書，要按5元支付配送費。5元裏的配送費是不是太貴了？消費者承擔是否合理？隨著網站數量和網上交易量的增加，電子商務對物流配送的需求也在增加。電子商務的發展在很大程度上取決於物流企業如何控制和降低物流成本，同時保持高質量的服務和靈活性。
我們也看到，壹方面車輛閑置，倉庫閑置，同時很多企業在找車輛，找倉庫。這說明社會不缺貨運和倉儲資源，缺的是尋找和整合資源。所以，降低電商物流配送成本最好的辦法就是結盟，形成服務網絡。
(五)物流管理人才短缺是電子商務物流發展的主要障礙。
物流配送領域人才短缺已成為我國物流配送行業發展的巨大障礙，尤其是熟悉現代經濟貿易、現代物流運作、運輸物流理論與技能、英語、國際貿易、運輸與物流管理的復合型人才。物流企業缺乏物流專業人才是物流企業服務水平低的重要原因。目前國內的高級物流人才主要是留學歸來的人。據權威機構調查，我國近幾年物流專業人才需求在600萬以上，而高級物流管理人才需求到2010年將為34萬。
人才短缺主要是因為培養體系不成熟不完善。在2004年的高校招生目錄中，只有10所高校在教育部設置了物流專業和課程，不到所有高校的1%。研究生教育剛剛起步。博士生教育有待發展；職業教育就更差了，通過委托培訓的方式培養員工的企業更是少之又少。