(1)辦公室
參與重大政策和重大問題的調查研究；負責起草綜合性文件和報告；承辦文秘檔案、機要保密、政務督查、目標考核、信息公開和信訪工作；組織協調相關重要會議和活動；承擔公務接待、後勤保障、資產管理和安全保衛工作。
(2)政策法規司
組織開展交通行業相關政策研究，指導交通行業體制改革；承擔地方性法規規劃和起草工作，負責規範性文件的審查和備案；指導和協調交通行業立法工作；指導交通行業行政執法、行政復議、執法監督和執法隊伍建設，承擔法制宣傳教育；承擔全省交通行政執法的協調和管理工作；組織實施省級交通運輸行政許可的統壹受理、統壹審批和統壹送達，承辦機關的行政復議和行政訴訟案件。
(3)綜合計劃辦公室
組織編制綜合交通運輸體系規劃和地方鐵路、民用機場發展規劃；制定公路水運發展規劃，高速公路、國省幹線公路、幹線水運、港口和樞紐規劃；擬定交通行業發展戰略和投資政策，參與制定交通行業融資政策；擬訂高速公路、普通國省幹線公路、省幹線航道、港口和樞紐建設的固定資產投資規劃和年度計劃，組織編制地方鐵路、民用機場、農村公路、基礎設施維護和行業管理資金年度投資計劃；承擔交通建設的前期管理和預算管理；承擔重點交通項目的預可行性、可行性和後評價；承擔環境保護、扶貧項目和對口支援工作；負責交通行業統計分析和信息發布；承辦交通利用外資和國際交流與合作。
(4)科學技術部
組織制定交通行業科技和信息化發展的戰略、規劃和計劃；組織實施重大科技項目、創新技術引進開發和科技成果管理；指導和協調交通行業信息化項目的建設和管理；組織和指導交通行業標準計量、知識產權、技術交流和行業創新體系建設；指導和監督交通行業質量、技術、節能減排工作。
(5)航空部
擬定全省航空業發展戰略和規劃計劃，提出相關政策法規，承擔全省民用機場總體規劃的審查工作；承擔重大建設項目和專項資金的監管工作；監督管理全省民用機場和民用航空企事業單位的運營行為和服務質量，組織協調重要航線的開發和重大航空任務的實施；承擔全省航空工業統計和信息工作；負責與上級民航和空域管理部門的溝通和協調。
(6)安全監督辦公室(應急辦公室)
組織制定公路水路安全生產政策和應急預案並監督實施；負責公路、水路交通安全生產的綜合監管；指導相關安全生產和應急體系建設，監督相關部門和市交通運輸部門的安全監管工作；依法組織或者參與事故調查處理，並監督事故調查處理的實施；承擔公路水路突發公共事件的應急管理工作。
(7)財務部(審計部)
指導交通行業的財務、會計和審計工作；制定交通行業融資政策並監督實施，參與制定交通行業投資政策；提出金融、土地、價格方面的政策建議；承辦政府部門的預算和決算；承辦交通資金的申請、撥付、監督和核算；承擔機關和直屬單位的內部審計工作；指導機關和直屬單位國有資產管理和政府采購工作；承辦信貸和利用外資方面的金融工作；制定交通規費政策，指導交通行業規費征收管理工作。
(八)政治部
指導交通行業的隊伍建設和精神文明建設；承辦機關及直屬單位的編制、機構、人事和勞動工資；負責管理領導班子和直屬單位的幹部；負責機關及直屬單位和指導交通行業人才、職稱、職業資格和技能鑒定工作；承辦機關、直屬單位和指導交通行業新聞宣傳、文明創建、教育培訓工作；負責管理部門學校；承辦直屬機構和統戰工作；承辦機關及直屬單位出國(境)審批和政審工作。
直屬機關黨委負責南京直屬機關和單位的黨群工作。
離退休幹部辦公室負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
省國防動員委員會交通戰備辦公室負責國防交通戰備動員工作，稱為省國防動員委員會戰備辦公室。