大理城?女媧神殿
女媧神殿是白苗族祭祀女媧女神的地方，殿中蛇尾人身石像據說是十年前大水災時帶來的，因其與女媧神形似，故在神殿裏供人祭拜。李逍遙見石像容貌與靈兒極為相似。不由得向前察看，卻被傳送到壹個地方，在此見到靈兒的母親巫後，才知石像是巫後所變。巫後問明李逍遙對靈兒的情意後，就將他傳送到十年前的南紹城。
南紹城?黑苗族王宮
李逍遙被傳送到壹處郊野，見到數名黑苗族士兵奉拜月教主之命，正在追殺正帶年僅6歲的靈兒逃離苗疆的姥姥。李逍遙殺死這些士兵，姥姥向她道謝後帶靈兒乘鳳凰離開。隨後又有另壹批黑苗士兵來到，李逍遙再次打敗這些黑苗士兵，為避免麻煩，李逍遙也換上黑苗服裝。向西走看到壹艘小船，船上的黑苗士兵要他壹起到王宮集合。南紹城此時為大水所淹，拜月教主認為是巫後所為，鼓動士兵脅迫巫王處死巫後。李逍遙潛入王宮中的監牢見到被囚禁的巫後，巫後要他到王宮地下宮殿取回天蛇杖，以便脫困。
南紹城?地下宮殿
李逍遙告訴地下宮殿石長老壹句巫王交待的暗語。進入地下宮殿取回被巫王沒收的天蛇杖，將天蛇杖交給監牢中的巫後。兩人正要逃離，巫王和拜月教主來到，拜月教主施法，使巫後露出蛇尾人身的原形，迫使巫後帶著李逍遙逃往王宮下面的地下水道。
南紹城?地下水道
在地下水道，李逍遙和巫後遇到拜月教主帶著水魔獸前來追殺。原來拜月教主破壞女媧的封印，召喚太古魔獸造成了水災，卻利用巫後不是人類而嫁禍給她。由於水魔獸遇水即生，因此只能暫時將她打敗，卻無法徹底消滅。巫後帶著李逍遙且戰且逃，終於無路可逃，最後巫後犧牲自己消滅水魔獸，而將李逍遙傳送到他家附近的山神廟。
山神廟
李逍遙被傳送到離家不遠的山神廟，見到了十年前的自己。才9歲的他說山神廟裏來了壹位受傷的老婆婆和壹位小女孩。李逍遙進去壹看，原來是姥姥和靈兒逃難至此。姥姥給他帶壹條鳳紋手絹作為信物，到港邊找接應的人。
小鎮?港口
李逍遙來到港口，壹位船上的商人認得這條鳳紋手絹，原來他就是靈月宮主所變。靈月宮主帶姥姥和靈兒回仙靈島躲藏。行前她告訴李逍遙有壹種叫做回魂仙夢的法術能夠使人在夢中看到過去，如果想要結束這個夢，只要滿足做夢之人心底的願望即可回到現實。
山神廟
李逍遙在從山神廟西南小路的樹下小箱子中見到壹顆很特別的小珠子，9歲的李逍遙過來阻止，說這顆珠子是父親送給他的，李逍遙和小時候的自己商量，以壹柄木劍交換這顆水靈珠。身上沒有木劍，可到小鎮港口處的木匠鋪裏買壹把。
大理城?女媧神殿
得到水靈珠後，李逍遙又重回女媧神殿的石像前，見到阿奴正在為他的安危禱告。原來他已失蹤壹個月了，小鳳凰也已經出生了。
苗疆?聖姑家
李逍遙將取得的鳳凰蛋殼和麒麟角交給聖姑，數月後靈兒順利生下壹個女兒，取名為憶如，以紀念月如。聖姑要李逍遙到試煉窟中抓36只傀儡蟲回來。
苗疆?試煉窟
從大理城外向東南方向走可到試煉窟。半道上李逍遙遇見蓋羅嬌正在訓練五毒獸以對抗黑苗族，為避免秘密泄漏，想殺人滅口，李逍遙不得已只好出手還擊，打敗她後，阿奴出現阻止蓋嬌奴再度拼命。蓋羅嬌離去後，李逍遙和阿奴壹起進入試煉窟。阿奴提到傳說試煉窟深處有女媧的陵墓，但沒有人能夠到達。李逍遙壹邊打敗怪物，獲得傀儡蟲，壹邊往地底深處走，在女媧陵墓外放置兵馬俑的大廳西南方找到壹個幻像墻，穿墻而過後，先到北邊的石室取得蘆葦漂，再到南邊水道使用蘆葦漂，經過壹個水上迷宮，就到了女媧陵墓。在此可得到玄冥寶刀，無塵劍、金罡珠、冥蛇杖等至寶，並可以學到土神、雷神、風神、雪妖、火神等法術。之後，利用土靈珠回到地面。
桃花林 將傀儡蟲交給聖姑後，托她照顧憶如，李逍遙和阿奴陪靈兒到大理城。出聖姑家，過橋向西北走有壹座桃花林，使用風靈珠吹散濃霧，就可以進去。在桃花林可使用飛龍探雲手從怪物身上偷得天仙玉露、女媧石、靈山仙芝等寶物，而且也可以提升靈兒的等級。 大理城?女媧神殿 到了大理城，正趕上黑苗族來襲，白苗族處於下風，老弱婦孺都被撤到女媧神殿避難。靈兒到巫後石像前祈禱，巫後顯靈，要靈兒用愛化解兩族間的仇恨，並將聖靈珠、聖靈披風、天蛇杖交給靈兒。靈兒到神殿右側的祭壇祈雨。先將聖靈珠放在祭壇前石碑中央的圓孔中，祭壇會升起5根石柱，依次將雷靈珠、風靈珠、土靈珠、火靈珠、水靈珠放在東西南北中5個石柱頂端的凹孔中，念出祭雨咒文，不多時，久旱無雨的苗疆終於下起了十年來第壹場雨，大地復蘇，正在激戰的雙方士兵也停止了戰鬥。黑苗族兵大嚷女媧娘娘發怒了，紛紛逃走，拜月教主也擋不住。正當白苗族歡慶勝利時，地底下突然鉆出壹只地魔獸，消滅地魔獸後，靈兒決定循它鉆出的地底通道，到南紹城去。 南紹城?王宮 穿過地底通道到達地底王宮。從地底王宮進入王宮大殿，看到巫王獨自坐在王座上，巫王要將王位讓給靈兒，並原諒他的行為。話沒說完，拜月教主就出來制止。李逍遙打敗他派出的殿前武士，巫王突然偷襲靈兒，使她受了重傷。原來巫王早已被拜月教主害死，這個巫王是妖怪喬裝而成。李逍遙和阿奴殺掉這個裝扮成巫王的妖怪後，阿奴留下來為靈兒療傷，李逍遙則在王宮入口處追上拜月教主。拜月教主承認水災和旱災均是他壹手操縱，他要率領魔獸征服天下。這時靈兒和阿奴也趕到，三人合力將拜月教主打倒。拜月教主投水，與水魔獸合體，引發大水，將李逍遙和阿奴沖走，只有靈兒飛身上前與水魔獸決戰。 魔獸消失了，大水也退了，但靈兒不再出現。不久李逍遙與阿奴告別，獨自離開了苗疆。阿奴送走了逍遙，也送走了她的心。月如得聖姑以傀儡蟲復生，抱著初生的憶如，等待李逍遙和靈兒歸來。