南京師範大學研究生院的各個學院分布在仙林校區，紫金校區，隨園校區。
南京師範大學是國家“雙壹流”建設高校和江蘇高水平大學建設高校。南京師範大學研究生教育起步於20世紀50年代，著名苔蘚專家陳邦傑教授招收了我校歷史上第1名研究生。1978年，南京師範大學成為全國首批恢復招收研究生的高校之壹。
1997年學校成立研究生處（黨委研究生工作部），主要承擔和組織全校學位與研究生教育工作；
1981年，南京師範大學被國務院批準為具有博士、碩士學位授予權的單位。1996年，南京師範大學進入國家“211工程”重點建設大學行列，研究生教育進入了壹個嶄新的發展時期。2003年，改建為研究生部（黨委研究生工作委員會）；2011年，成立研究生院。