學校現有中國語言文學系、哲學學院、歷史學系、文物與博物館學系、外國語言文學學院、法學院、國際關系與公***事務學院、新聞學院、經濟學院、管理學院、社會發展與公***政策學院、數學科學學院、物理學系、化學系、高分子科學系、環境科學與工程系、信息科學與工程學院、軟件學院、光源與照明工程系、材料科學系、力學與工程科學系、生命科學學院、上海醫學院、公***衛生學院、藥學院、護理學院、國際文化交流學院、藝術設計系等28個直屬院系。
在復旦大學畢業的研究生中，有14人被授予“有突出貢獻的中國博士、碩士學位獲得者”稱號，並有22人先後在四屆全國百篇優秀博士學位論文評選獲獎。復旦大學畢業研究生正以其深厚的知識素養、突出的實踐能力和積極的創新精神，受到用人單位的廣泛贊賞和接受。