1、地理位置：北大深圳研究生院位於廣東省深圳市，而北大位於北京市。這導致了兩者在氣候、周邊環境和城市發展水平上的差異。
2、學科設置：北大深圳研究生院側重於與深圳當地經濟發展和產業需求相匹配的學科和研究領域，而北大作為綜合性大學，學科設置更為全面和多樣化。
3、校園文化：北大深圳研究生院作為北大在深圳的延伸，可能在校園文化上繼承了北大的傳統，同時也融入了深圳的創新精神和開放氛圍。
4、資源配置：北大作為歷史悠久的學府，可能在師資、研究資源和校友網絡等方面具有更深厚的積累。北大深圳研究生院則可能在利用深圳的產業資源和創新環境方面有優勢。