1、遇到員工擅自離職的，限定員工在指定是時間內回公司上班，並提出如限期內不上班的處理措施；
2、當員工擅自離職達到可以辭退的標準時侯，用人單位應當將解除勞動關系的事宜公開，通知其前來辦理交接工作以及離職手續；
3、如果員工違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制的，造成用人單位損失的，用人單位可以申請仲裁，要求員工賠償損失。
壹、辭退員工的具體流程如下：
1、由解除決定人遞交解除申請書；
2、人事部門填寫《解除勞動合同審批表》並報主管審批；
3、通知所在部門及職工辦理工作交接並交回工具設備等；
4、有關部門與職工辦理結算工資福利和其他未了事宜等；
5、職工在結算工資和發放經濟補償的財務手續簽字領取；
6、給職工辦理黨、團、工會組織關系和檔案等轉移手續；
7、給職工辦理社會保險轉移單和公積金轉移手續等事項；
8、給職工開具《解除勞動合同證明》。
綜上所述，遇到員工擅自離職的，用人單位應當以書面形式送達通知書，限定員工在指定是時間內回公司上班，並提出如限期內不上班的處理措施。其次，當員工擅自離職達到可以辭退的標準時侯，用人單位應當將解除勞動關系的事宜公開，並以書面形式送達離職通知書給員工，通知其前來辦理交接工作以及離職手續。
法律依據：
《中華人民***和國勞動合同法》
第三十七條
勞動者提前三十日以書面形式通知用人單位，可以解除勞動合同。勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。
《工資支付暫行規定》
第七條
工資必須在用人單位與勞動者約定的日期支付。如遇節假日或休息日，則應提前在最近的工作日支付。工資至少每月支付壹次，實行周、日、小時工資制的可按周、日、小時支付工資。
第十六條
因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除後的剩余工資部分低於當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。
《中華人民***和國勞動法》
第五十條
工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。