4月24日，孫萬剛因涉嫌故意殺人罪被巧家縣公安局刑事拘留，4月30日被批準逮捕。
8月5日，雲南省人民檢察院昭通分院向昭通市中級人民法院提起公訴。
1996年9月20日，雲南省昭通市(現昭通市)中級人民法院以故意殺人罪判處孫萬剛死刑，剝奪政治權利終身。
法院審理查明，孫萬剛在昆明讀書時，向同鄉借錢350元給女友陳星輝作為入學考試費。1996 65438+10月2日中午，老鄉來電提醒。孫萬剛向多名朋友借錢未果，遂於當晚8時30分左右將陳星輝騙至紅衛山壹處草甸子內，將其強奸。為了殺死他，孫萬剛用陳的挎包將他擊昏，並用隨身攜帶的尖刀割斷了他的脖子。
孫萬剛辯稱，當時是這樣的:晚上8點半左右，他和女友陳星輝從姐姐家出來到紅衛山。當他們躺在草坪上聊天時，他的頭部突然被鈍器所傷，昏了過去。當我醒來時，我發現陳星會消失。但是附近的水池裏傳來壹個聲音。他循聲而去，發現陳星正在和壹名黑衣男子說話。當黑衣男子見到孫萬剛時，他們說他們正在調查賣淫活動，並問孫萬剛是否願意與陳星發生性關系。“我沒有答案。黑衣男子拿出壹把刀放我走，說如果我不走，就用刀在我臉上留下印子。我當時很害怕，被撞得不省人事，就下山了。我和幾個同學上山找陳星輝，沒找到。第二天還是沒找到。晚上11點，我被警察帶走，才知道陳星輝已經死了。”
壹審判決後，孫萬剛上訴至雲南省高院。
1997年9月19日，雲南省高級人民法院以孫萬剛殺害陳興輝事實不清、證據不足為由，裁定撤銷昭通中院壹審判決，發回重審。
1998年5月9日，昭通市中級人民法院經再審，判決被告人孫萬剛犯故意殺人罪，判處死刑，剝奪政治權利終身。
孫萬剛仍不服判決，繼續上訴。
1998 165438+10月12、雲南省高級人民法院終審判決確認壹審判決認定的犯罪事實，判處被告人孫萬剛死刑，緩期二年執行，剝奪政治權利終身。
判決生效後，孫萬剛被送往雲南省第四監獄服刑。
孫萬剛及其家人不服雲南省高級人民法院終審判決，壹直申訴。
2002年6月30日，巧家縣公安局抓獲壹個搶劫、強奸、殺人犯罪團夥，首犯李茂富被害。他既沒有請律師，也沒有上訴。來自該縣公安辦案人員家屬的消息稱，李某曾對殺害陳星輝的過程供認不諱，並表示作案所用的刀和被切割的器官都丟棄在桑樹林裏。也有傳言稱，在庭審過程中，李曾以“抓錯人”嘲諷公安。孫萬剛的父親親眼看到了貼在縣公安局櫥窗裏的照片，照片上李茂富指認的現場，就是紅山。2002年9月，孫萬剛的父親在壹封信中告訴兒子這些事情，認為陳星輝很可能是被李茂富殺害的。
孫萬剛就李茂富是殺害陳星輝的真兇壹事寫了壹份申訴書，並送交有關部門。孫萬剛的申訴材料引起了雲南省人民檢察院和雲南省高級人民法院的重視。接到這個投訴後，兩院立即前往巧家縣進行調查。然而，證據表明，李茂富不是殺害陳星輝的真正兇手。但兩院在對孫萬剛案的審查中，均發現本案確實存在諸多疑點，存在誤判的可能。
在重新調查中，省檢察院發現本案存在七大問題:
第壹，孫萬剛僅有的四份有罪供述，明顯體現了辦案人員的先入為主的觀念和有罪推定。這些供述相互矛盾，前後不壹致，與現場勘查筆錄、屍體檢驗報告、刑事科學技術鑒定書等證據不符。
2.孫萬剛指控偵查人員刑訊逼供。根據與孫萬剛同監的犯人的證詞，孫萬剛在被關押期間，手指、腿部、背部都有傷痕，絕食三四天。孫萬剛的辯護律師也提供了孫萬剛遭受酷刑的情況。據此，不排除刑訊逼供、誘供、逼供等非法取證的可能。孫萬剛的有罪供述可能是在刑訊逼供下做出的。
第三，孫萬剛的動機和目的不明確。
四、法院認定孫萬剛有罪的關鍵證據之壹是血型鑒定不具有唯壹性和排他性。孫萬剛的衣服與被害人的血型相同，並不能完全證明孫就是兇手。
5.作案工具來源、去向不明的；受害者被切割的器官下落不明。
6.孫萬剛在壹份重要的有罪供述筆錄中的可疑簽名，並非其本人簽名，而是案件承辦人簽名。
七、現場沒有發現孫萬剛的血跡和腳印，但留下了別人的紐扣和皮帶扣。
經過兩個多月的重新審查，雲南省檢察院認為孫萬剛案在程序、偵查、起訴、審判等方面存在違法問題。實質上，全案事實不清，證據之間存在諸多矛盾和嚴重瑕疵。
2003年9月18日，省檢察院向省高院提出檢察建議，建議法院對孫萬剛案啟動再審程序，並調取全部案卷。
2003年9月28日，省高院決定按照審判監督程序對孫萬剛壹案進行再審，並於2004年6月5438+10月65438+5月。
2004年2月10日下午3點，雲南省高院三名法官在獄中宣布，孫萬剛無罪釋放。深夜，29歲的孫萬剛光著頭，背著壹個紙箱，走出了雲南省第四監獄(位於曲靖市沾益縣)。
2004年5月28日，雲南省高級人民法院對此案作出《賠償決定書》，明確規定孫萬剛從1996 1日起被羈押審查，至2004年重獲自由，* * *被錯誤羈押2961日。根據國家賠償法，妳有依法獲得國家賠償的權利。因此，按照2003年我國在崗職工日平均工資，* *應獲得人民幣165608.73元作為補償。65438+10月22日15，孫萬剛來到雲南省高院財務處，收到壹張現金支票。