阿珂師姐阿琪帶著蒙古王子葛爾壹行人來少林寺挑釁，要少林寺交出阿珂，吳三桂手下的楊溢之認出了韋小寶是桂公公，替他圓場化解了矛盾。韋小寶以他的聰明才智，令葛爾等人知難而退。張康年傳來聖旨：康熙命令韋小寶上清涼寺當主持，實則是從少林寺繞個圈，再帶些人去保護順治，這樣不容易引人註目。 韋小寶到山下接到雙兒壹起前赴五臺山清涼寺，五臺山的清涼寺被數千名道士包圍，目的是活捉行癡大師（即順治帝），小寶只好施行金蟬脫殼之計，假扮道士帶行癡等人逃離清涼寺，半途碰到趕來微服出行的康熙。順治經不起康熙的苦苦哀求，父子終於相認。
第21集
順治將四十二章經的秘密告訴康熙，叮囑他要做個好皇帝，便跟著玉林大師離去，康熙含淚目送父親。 康熙在殿內參拜時，卻遭來九難刺殺，幸得小寶舍命相救，被九難劫走。小寶為了脫身，再次利用刺殺鰲拜之事說服九難。適逢每年三月都是明朝崇禎帝的死忌，於是九難便帶小寶去京城，上煤山拜祭崇禎。 康熙未能找到小寶下落，怒責多隆和張康年，要多隆留下繼續尋找韋小寶下落，啟駕回京。 韋小寶帶九難來到皇宮，九難沒想到竟碰上昔日的宮女陶紅英，原來九難師太就是長平九公主。陶紅英將四十二章經的事情告訴了九難。九難入慈寧宮探個虛實。
第22集
九難逼問太後說出四十二章經的秘密，二人更大打出手，九難將太後的化骨綿掌盡數轉移到她身上，太後為了自救，說出她不是真皇後，她是明代後人毛東珠，真太後已被她軟禁。 九難和小寶又得到了建寧公主從康熙那兒偷來給太後壹本四十二章經，九難仔細揣摩，發現四十二章經的封面內藏有細小羊皮，必須集齊八本才能並出完整地圖，才能破得大清龍脈。 九難帶著小寶來到崇禎陵墓，韋小寶沒想到竟和阿珂在這裏又相見了，阿珂還是九難師太的徒弟，韋小寶故意裝做無辜可憐讓阿珂責罵，九難看阿珂得寸進尺，制止阿珂來維護小寶，令阿珂非常生氣。 小寶說要娶她，令阿珂對他非常痛恨。阿珂三番四次被小寶輕薄，轉告九難又被她責罵。阿珂騙小寶替她摘取河中荷花，韋小寶跳入水中為阿珂摘花，露頭時卻見阿珂壹把劍指著他，韋小寶使壞將阿珂拉下水中。九難因經書遭來喇嘛的追殺，韋小寶和阿珂趕回客棧，看到眾喇嘛圍攻九難師太，九難不敵，幸得小寶略施小計刺死三名喇嘛，不過九難已身受重傷。韋小寶帶阿珂、九難逃走，在途中巧遇阿珂的朋友鄭克塽，鄭克塽說自己是臺灣鄭家二公子，更邀請九難***同赴河間府出席“殺桂”大典。九難答應和他壹路同行。
第23集
巴顏追到酒館發現九難傷勢還未復原，要她交出四十二章經，鄭克塽出面卻被巴顏壹掌打飛，韋小寶看到阿珂的心上人出醜，樂在其中，大展妙計，收賣酒保，將蒙汗藥撒在酒中乘機逃走。韋小寶捉弄鄭克塽卻被趕來的巴顏抓住，阿珂出面相救鄭克塽，韋小寶無奈只好為了阿珂出面和這群喇嘛玩起了智鬥，這群喇嘛敗在小寶手下，小寶戲弄喇嘛，將空皮四十二章經撒上化屍粉扔給喇嘛，喇嘛中計被化屍，巴顏抱著空經書離去，九難感激小寶讓她避過了這壹劫，小寶為求接近阿珂，趁機請九難收他為徒，九難欣然答應。 鄭克塽帶著阿珂去參加“殺桂”大會，卻讓韋小寶不開心，九難師太看出韋小寶的心事，帶他到樹林中傳授武功“神行百變”。
第24集
韋小寶跟蹤鄭克塽和阿珂，卻被阿珂責罵，韋小寶痛狠鄭克塽之極，但無能為力，碰巧遇見來找他的多隆和壹群侍衛，韋小寶借多隆之手痛打鄭克塽，又乘機賣弄英雄救美的本事。 讓鄭克塽受盡皮肉之苦，也在阿珂面前出盡醜像，可阿珂對鄭克塽仍就不死心，這讓韋小寶傷透腦筋。 韋小寶又碰上沐王府的吳立身，編取謊言誹謗鄭克塽對天地會不利，要吳立身為他出氣，吳立身召集附近村民攔截鄭克塽的去路，誣陷鄭克塽非禮農家女孩，要鄭克塽討個公道，娶這個農家醜女為妻，吳立身將鄭克塽押回村中，演了壹出“高老莊成親”的戲中戲，讓阿珂哭笑不得。
第25集
阿珂被迫在鄉民的撮合下和韋小寶成了親，鄭克塽師傅馮錫範趕來救出鄭克塽，壹切真相大白，讓韋小寶很難堪，阿珂知道是韋小寶所為，更憎恨韋小寶。九難得知怒囑小寶、阿珂不得再與鄭克塽來往，並與二人回京。 韋小寶受九難之托回宮打控虛實，多重身份的韋小寶也讓自己很為難。韋小寶把死裏逃生的經歷講給了康熙聽，把罪責都推在吳三桂的身上，提議借他人之手鏟除吳三桂。這也正和康熙之意，韋小寶帶康熙借意搜太後寢宮，正好撞上來找假太後偷情的神龍教瘦頭陀，瘦頭陀帶毛東珠落荒而逃，真太後獲救。韋小寶也乘機取走了瘦頭陀留下的壹本四十二章經。 韋小寶來到天地會據點馬棚取經書時，碰到了馮錫範和鄭克塽為難師父陳近南。韋小寶躲在棺材中等待時機。
第26集
馮錫範汙蔑陳近南背叛鄭王並下手暗算，韋小寶見師父陳近南不敵，暗中撒出石灰粉嚇退錫範，將鄭克塽關在棺材之中。天地會人勸總舵主陳近南及早脫離鄭家及兩公子的鬥爭。陳近南不服，要去臺灣找鄭王說理，打開棺材時卻發現鄭克塽不見了，天地會關安基死在棺材之中。韋小寶取出六本經書，將內藏的羊皮全部取出保存，又將經書皮縫好，把空經書交給陸高軒送往神龍島交差。 建寧因被賜婚嫁與吳應熊而大吵大鬧，康熙派小寶做隨行賜婚使，實則要他找回吳三桂的四十二章經。康親王因經書被偷，來求韋小寶幫忙仿制經書，好向康熙交差，小寶便做了個順水人情。事成後送小寶壹座子爵府作謝禮，小寶大喜。 九難和阿珂決隨小寶前往雲南，護送途中，韋小寶被建寧用蒙汗藥迷倒，醒後發覺赤身被公主困綁及施以酷刑，九難為救小寶擲阿珂入房，阿珂掩面救小寶後離去。小寶松綁後還擊，建寧施媚功求饒，小寶終受不住引誘與建寧壹夕風流。
第27集
快到雲南之時，建寧威脅韋小寶殺掉吳應熊，韋小寶敷衍答應，卻心事重重。 吳三桂隆重迎候公主，宴請韋小寶，韋小寶見到吳三桂卻明知故問戲弄壹番，並乘機敲詐壹筆，讓吳三桂摸不著頭腦。 吳三桂帶韋小寶見識了他書房中的三寶，讓韋小寶大開眼界，韋小寶出言相譏，對府內各陳設加以批評，暗示三桂謀反之心，讓吳三桂很不樂意。吳三桂仍裝做笑臉地壹對火槍相贈於韋小寶。 韋小命暗中安排徐天川、玄貞道人去查探楊溢之下落，發現楊溢之已被吳三桂割去四肢、雙眼及舌頭，以免他泄露謀反壹事，小寶大怒。 決定要查個水落石出為楊溢之報仇，徐天川等人擄來蒙古使者罕帖摩審個明白。
第28集
韋小寶從罕帖摩口中探出吳三桂要聯合蒙古、西藏，羅剎國及神龍教，四路夾擊謀反。 罕帖摩的失蹤讓吳三桂著了急，吳三桂安排吳應熊借救火之名闖入安阜院公主寢宮搜罕帖摩，卻中了建寧公主的陰謀，被公主閹了。韋小寶將計就計，說吳應熊冒犯建寧公主，公主自衛才將吳應熊閹割。吳三桂誓要報仇。 韋小寶得知阿珂行刺被吳三桂所擒，向九難求救，九難當面拒絕，而後悄悄去三聖庵找陳圓圓告知，陳圓圓來找吳三桂，去牢房中看自己失蹤多年的女兒阿珂，母女相認，阿珂告訴陳圓圓只有韋小寶才可救她。 韋小寶藉詞探望吳三桂，後又見到刺客。赫然發現被囚禁的竟是沐劍屏。
第29集
韋小寶嚇唬夏國相，遂使計謀將劍屏帶走。沐劍屏講述離開神龍島後，再遇劍聲、大洪等人，正商量對付吳三桂之計時，卻被三桂手下擒獲。至此，小寶知已中了吳三桂的圈套。 這時，小寶又接到壹道姑送來救阿珂的字條，韋小寶跟道姑前往，韋小寶在三聖庵的書架上意外發現四十二章經，乘機偷走。原來接見韋小寶的正是陳圓圓。陳圓圓道出自己的過去及阿珂的身世，韋小寶慶幸阿珂乃吳三桂女兒，應可保命，陳圓圓要阿珂認吳三桂為父親，卻遭到阿珂親生父親李自成的拒絕，這時的吳三桂已經布下重兵圍捕三聖庵中的韋小寶等人，李自成和吳三桂展開壹場生死決鬥，九難出現解圍。
第30集
韋小寶要九難師太將此事交他處理，韋小寶趁機要挾吳三桂交換阿珂等天地會的人質，再“請”吳應熊陪同返京，以防吳三桂出爾反爾。 阿珂壹時感懷身世便要自尋短見，被趕來的親生父親相勸，阿珂痛責李自成沒有權力管她，李自成為救阿珂二人壹同掉入懸崖之下，幸好被鄭克塽、馮錫範救下，並安慰她不要輕生，阿珂為之感動，也認了李自成為父親。 雙兒幾經周折又回到韋小寶的身邊，錢老本帶天地會吳六奇、馬超興來見韋小寶，並告知李自成和阿珂的行蹤。韋小寶趕到柳江卻發現李西華和李自成打成壹團，李西華為父報仇要李自成給個交待，李自成溺水而死讓李西華也感到壹絲悲傷，壹直跟隨陪伴陳圓圓的胡逸之趕來和馮錫範壹比高低，擊敗馮錫範和韋小寶講起了自已跟隨陳圓圓的初衷，讓韋小寶非常敬佩，吳六奇敬佩雙兒要和她結為兄妹。
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