2012年首都醫科大學在教育部學科評估中:
基礎醫學壹級學科排名第20名,與天津醫科大學、哈爾濱醫科大學並列;
臨床醫學壹級學科排名第7名,與浙江大學並列;
口腔醫學壹級學科排名第6名,與南京醫科大學並列;
公***衛生與預防醫學壹級學科排名第13名,與蘇州大學、南方醫科大學、安徽醫科大學並列;
藥學壹級學科排名第20名,與武漢大學、天津醫科大學、重慶醫科大學、浙江工業大學、安徽醫科大學、溫州醫科大學並列;
護理學壹級學科排名第8名,與復旦大學、中山大學、山東大學、吉林大學、南京醫科大學、重慶醫科大學並列。
綜上,首都醫科大學在臨床醫學、口腔醫學、護理學上比較有優勢。