陜北的王二率先造反。第二年，、王大亮、等率領饑民陸續響應，米脂的張也造反，後投靠。
從崇禎元年(1628)到崇禎三年間，王佳音、劉洋、高迎祥。陜西全境有張、李自成大大小小農民軍六萬五千四百三萬八千余人。農民軍成分復雜，各自為戰，沒有形成統壹的指揮。雖然他們看起來很有活力，但他們在戰略上仍然是被動的，處於防禦態勢。
從崇禎三年開始，巡撫楊鶴用它來鎮壓和愛撫，入晉，後來死了。繼承其三部曲的王耔，聯合、張、李自成、羅汝才等二十余萬人，自稱三十六營，曾攻下大寧冀州、澤州、壽陽等城。
然而，在崇禎六年(1633)，王紫薇戰死沙場。雖然農民軍在高迎祥的領導下堅持機動作戰，但明軍為了守關追擊不力，陷入戰線過長、兵力分散的困境。但沒過多久，楊鶴下臺，洪承疇繼任三邊總督，主持反匪工作，於是壹開始就集中力量圍剿。
崇禎七年(1634)，洪承疇重兵包圍起義軍中心區，高迎祥在確山、朱仙鎮大敗，被迫西遷陜西。
深感明軍起義軍兇猛，受到洪承疇、朱大典的夾擊，不得不於崇禎八年在河南滎陽會師。之後農民軍兵分三路，壹路向西回陜西，壹路向北回陜西，壹路向東回鳳陽。
此時農民軍正在行動，明軍無法完全包圍殲滅，於是改變作戰方針，分區負責，重點進攻。以盧象升為五省總督，專司中原；洪承疇專攻西北，各負其責，相互配合。崇禎九年，明軍在河南大敗、張，而李自成在興平等地也屢敗。此後，孫傳庭在漢中全力進攻高迎祥。張自忠、高迎祥最後被孫傳庭伏擊而死。從此，農民軍就剩下了張和李自成兩支強隊。
崇禎十年(1637)，崇禎任命熊文燦為五省丞相，組織新壹輪圍剿。李自成雖然進軍四川，壹度攻破十余城，但在崇禎十壹年被洪承疇以優勢兵力擊敗，之後又再次擊敗梓潼、洮河。張在南陽、麻城被左良玉擊敗，負傷退守谷城。
這壹年，農民起義軍陷入低谷。劉國能、、張、羅汝才先後降明或撫明。李自成也帶領殘部只生活在川陜交界的山區。或許再過壹年，這些叱咤風雲的農民軍，很可能會成為歷史的浮雲。
然而不幸的是，崇禎十壹年(1638)九月，清軍兵分兩路入關，鎮壓農民軍的明軍都要進京勤政，給了農民軍喘息的機會。雖然張和李自成有機會休息壹年，但現實是他們還是敗給了明軍。崇禎十三年，張被迫遷至四川，只有李自成才有機會被明軍合圍張。
也是從這壹年開始，李自成大軍勢如破竹，壹路向東，洛陽，開封，大敗孫傳庭，最後到了北京，滅亡了明朝。
似乎從今年開始，明軍就要失敗了。事實上，今年發生了壹件大事。崇禎十三年，皇太極包圍錦州，明朝廷不得不調集各路軍隊，以洪承疇為冀遼總督，策騎十三萬大軍解決錦州之圍。直到崇禎十五年，明軍幾乎全軍覆沒。
明軍最後的主力野戰軍在這壹戰中全部葬身，李自成也在這兩年越來越強，攻克洛陽，決堤，黃河邊滅開封。
所以明軍不是被農民軍打敗的，而是除了農民軍，明軍在遼東還有壹個敵人，兩條戰線作戰。再加上財政拮據，基本局勢不穩，因為戰爭造成的流民越來越多的卷入李自成，導致失敗。這次失敗不是軍事上的，而是政治上的。