奧斯曼人結束了1204年以來的分裂，希臘進入奧斯曼統治的歷史階段。他們直接受索非亞歐洲領地總督的管轄。1470年，他們被六個“桑賈克”細分為幾個郡。土耳其蘇丹讓希臘當地的顯赫家族掌管地方稅收和治安維護，還在中央政府擔任要職，比如教會、軍隊、公務員，這些都需要他們。
壹些希臘人不想被奧斯曼人統治，兩次移民浪潮興起。首先是希臘知識分子向西歐的遷移，這激發了文藝復興的到來。其次，壹些希臘人離開了平原，躲進了山裏。因為希臘是壹個多山的國家，而奧斯曼人從未成功地在山區建立自己的軍事或行政存在，從這個意義上說，奧斯曼人從未完全征服過希臘。希臘大陸和島嶼上有許多秘密社區，如克裏特島的Sphakiots、伊庇魯斯的Souliots和伯羅奔尼撒的Mani，都是奧斯曼統治時期活躍在山區的秘密社區。16世紀末至17世紀末，許多希臘人開始從山區遷回平原地區。帝國推行的宗教自治共同體“小米”制度，將各地區劃分為宗教民族自治，間接促進了東正教希臘人的民族凝聚力。作為壹個民族宗教社會，希臘東正教幫助希臘所有地區(山區、平原和島嶼)的希臘人在艱難的奧斯曼統治下保持其民族、文化和語言遺產。
奧斯曼統治下的希臘人要麽是受異族統治的基督徒，要麽是秘密基督徒。他們表面上遵循伊斯蘭教教規，暗地裏卻奉行希臘東正教的信仰，為的是避免重稅，同時又不失去與希臘東正教的聯系。然而，那些真正皈依伊斯蘭教的希臘人，盡管保留了自己的文化和語言，卻被同種族的東正教希臘人視為土耳其人。
從17世紀末開始，遷居君士坦丁堡(俗稱“法納”)的希臘人逐漸獲得奧斯曼中央政府的重用，並在行政部門占據重要職位。他們(法納)是奧斯曼帝國與歐洲各國交往中的翻譯和中間人，他們在財政上對帝國有所貢獻，以換取特權。例如，他們當中的銀行家通常會付錢給土耳其帕夏來購買官員，以換取利潤豐厚的稅收合同；與此同時，他們(法那)家族的有影響力的人物也牢牢地控制著東正教主教在君士坦丁堡的權威，並在18世紀中期成功地將其權威擴展到原本獨立的塞爾維亞和保加利亞教會。更重要的是，1711年，奧斯曼人將羅馬尼亞各省、巴爾幹糧倉地區的主權交給了他們(法納)，於是他們成為與帝國發生* * *關系的中間人和受益者，與仍居住在希臘半島的當地希臘人日益疏遠和斷裂。
1774年，奧斯曼帝國第壹次被俄羅斯打敗後(見第五次俄土戰爭)，根據兩國簽訂的《庫丘克肯納吉條約》，奧斯曼向俄羅斯船只開放黑海，並降低關稅。由於黑海缺少船只，俄羅斯慷慨地給了同為東正教的希臘人和壹些巴爾幹半島人懸掛俄羅斯國旗的權利。於是，大量希臘商人趁機控制了俄羅斯有利可圖的谷物貿易，將大烏克蘭地區生產的小麥運往糧食價格更高的南歐和西歐。這不僅使當地的希臘商人崛起，也從西歐媒體傳遞了18世紀的啟蒙運動和獨立理想。
總的來說，雖然有少數希臘人(法納人)受到土耳其人的高度重視，但當地大多數希臘人都處於被征服被剝削的地位，他們仍在尋找有朝壹日推翻奧斯曼統治的機會。所以起義運動很多，美國革命和啟蒙運動的思想也受到壹些外來勢力(威尼斯和俄國)的幹擾。從65438年到0789年，歐洲發生了法國大革命，革命的口號“獨立自由”響徹天空，也回蕩到希臘。民族意識崛起，奧斯曼帝國逐漸腐化、墮落、衰落，讓希臘人燃起了獨立的希望。這些因素形成了希臘獨立運動的背景。