1939年中***中央提出“堅持進步，反對倒退；堅持抗戰，反對投降；堅持團結，反對分裂”的三大政治口號，馬及時創作了大型秦腔戲《三岔口》，形象地教育民眾克服投降反***逆流，爭取時局好轉。同年冬，為了迎接中***陜甘寧邊區第二次代表大會的召開，他又創作了秦腔小戲《幹到底》，歌頌中國工人階級在抗日戰爭中的先鋒模範作用和領導作用。次年，他創作了中型眉戶劇《兩親家》，宣傳婚姻自主。特別是眉戶喜劇《十二把鐮刀》的創作和演出，進壹步表現了他豐富的生活實踐和卓越的藝術才能。這個反映邊區人民參加生產建設的喜劇，深受邊區幹部和群眾的歡迎，根據地各劇團都排演了這個戲。1941年，馬恢復了中***組織關系。1942年，毛澤東發表了《在延安文藝座談會上的講話》。在文藝為工農兵服務方針的指引下，馬以極大的政治熱情，創作了聞名全國的大型秦腔現代戲《血淚仇》。該劇以鮮明的階級感情，反映了國民黨和***產黨領導下的兩個世界；揭露了國民黨頑固派的統治給人民群眾造成的深重災難，熱情地歌頌了中國***產黨領導的解放區光明幸福的生活；成功地塑造了王仁厚這個極其貧苦、樸實、憨厚、勤勞勇敢的農民典型形象，對教育群眾鼓舞軍民士氣起了巨大的作用。1944年，馬創作了反映邊區政府和人民把懶漢二流子改造為新人，最後皆大歡喜的生活喜劇《大家喜歡》。這個戲在陜甘寧邊區文教英模大會上演出，得到了與會同誌和領導的壹致贊揚。為了反映抗戰勝利後人民要求和平、民主、自由的願望，馬創作了《壹家人》(亦名《保衛和平》)和《窮人恨》等劇本。《壹家人》揭露了國民黨反動派破壞“雙十協定”，陰謀發動內戰的險惡用心；《窮人恨》表現了廣大農民反抗地主壓迫、爭取翻身解放的迫切願望。這些戲劇緊扣時代脈搏，起到了動員人民、打擊敵人的作用。馬既是壹位多產的現代戲作家，又是壹位創作歷史劇、改編傳統戲的能手。1942年到1948年，經他編寫、改編的戲曲作品有《打漁殺家》《葫蘆峪》《王佐斷臂》《回荊州》《斬馬謖》《金沙灘》《反徐州》《八大錘》《顧大嫂》《魚腹山》《伍員逃國》等。這些劇作情節感人，語言生動，人物形象豐滿，在陜甘寧邊區和各抗日根據地廣泛演出，產生了深遠的影響。毛澤東、周恩來、朱德等曾觀看過部分戲劇的演出，給予了熱情的支持和鼓勵。彭德懷、王震先後寫信，對馬的戲在革命戰爭中發揮的積極作用給予很高的評價。 1944年陜甘寧邊區文教英模大會上， 授予他“特等模範”獎狀和“人民群眾的藝術家”的光榮稱號。1949年8月，馬作為西北解放區的代表，赴北平出席中國人民政治協商會議第壹屆全體會議，受到毛澤東等領導人的接見。
他在清豐師範和延安師範學校任教期間，創作排演宣傳愛國抗日的京劇和話劇。正式從事戲劇創作後，運用秦腔、眉戶等藝術形馬健翎的《血淚仇》演出劇照式，積極反映現代生活，為傳統戲曲與新時代相結合作出了貢獻。他***創作、編寫了60余部戲劇，具有濃厚的生活氣息和飽滿的戰鬥熱情，深受邊區人民喜愛。整理或改編秦腔傳統劇目和編寫秦腔新的歷史戲，是其戲劇活動的又壹重要內容。他還是壹位出色的導演和演員。中華人民***和國成立後，馬歷任西北軍政委員會文化部副部長，中國作協西安分會主席、副主席，西北戲曲研究院、陜西省戲曲劇院院長等職。他堅決貫徹執行中國***產黨的文藝路線、方針和政策，組織領導和團結廣大藝術工作者，挖掘整理出了壹批民族戲曲傳統劇目，改編了秦腔傳統戲《遊龜山》《四進士》《遊西湖》(與黃俊耀等合作)、《竇娥冤》《趙氏孤兒》；還領導創作了大型眉戶現代戲《雷鋒》《兩顆鈴》等，其中《遊龜山》曾在1952年全國戲曲觀摩會演中榮獲劇本獎；《大家喜歡》《查路條》《血淚仇》等五個劇本被翻譯在國外發行。1962年東風文藝出版社出版了《馬健翎現代戲曲選集》。