本規定所稱港口工程建設，是指為實現港口功能，在港口規劃範圍內建設碼頭工程(含舾裝碼頭工程)及其配套設施、防波堤、錨地、護岸等工程。第三條交通運輸部主管全國港口工程建設的行業管理。
省級交通主管部門負責本行政區域內港口工程建設的監督管理。
地方港口行政管理部門應當按照當地人民政府的規定，對本行政區域內的港口工程建設實施監督管理。第四條港口工程建設應當符合法律法規、技術標準和港口規劃。第五條港口工程安全設施應當與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用。
新建、改建、擴建碼頭項目應當規劃、設計和建設岸電設施。已建成的碼頭應逐步實施岸基供電設施改造。
港口工程應當按照法規和技術標準的要求，同步建設船舶汙染物接收設施，並做好與城市公共交通和處置設施的銜接。
客運樞紐工程應當按照規範和技術標準的要求建設客運設施，滿足旅客安全便捷出行的需求。第六條鼓勵港口工程建設采用新技術、新設備、新工藝、新材料，實施工程質量和安全標準化管理，加強施工安全風險管控，科學組織施工。第七條港口工程建設項目單位(以下簡稱項目單位)應通過登錄國家建立的網上項目監管平臺(以下簡稱網上平臺)提出項目申請，並按要求填報開工、建設進度、竣工等信息。
省級交通運輸主管部門和地方港口行政管理部門應當利用在線平臺進行在線審批、在線監控和協同監管等。，從而提高信息管理水平。第二章建設程序管理第八條港口工程建設項目應當按照國家規定的建設程序進行。除國家另有規定外，不得擅自簡化基本建設程序。第九條政府投資的港口工程建設項目應當執行下列建設程序:
(壹)開展項目預可行性研究，編制項目建議書；
(二)根據批準的項目建議書，進行項目可行性研究，編制可行性研究報告；
(三)根據批準的可行性研究報告，編制初步設計文件；
(四)根據批準的初步設計文件，編制施工圖設計文件；
(五)辦理施工圖設計審批手續；
(六)根據國家有關規定，依法辦理開工前相關手續，具備條件後開工建設；
(七)組織項目實施；
(八)項目竣工後，編制竣工資料，做好項目竣工驗收的準備工作；
(九)組織竣工驗收。第十條企業投資的港口工程建設項目應當執行下列建設程序:
(壹)編制項目申請或填寫備案資料，並履行核準或備案手續；
(二)根據批準的項目申請或備案資料，編制初步設計文件；
(三)根據批準的初步設計文件，編制施工圖設計文件；
(四)辦理施工圖設計審批手續；
(五)按照國家有關規定，依法辦理施工前相關手續，具備條件後開工建設；
(六)組織項目實施；
(七)工程竣工後，編制竣工資料，做好工程竣工驗收的準備工作；
(八)組織竣工驗收。第十壹條儲存、裝卸危險貨物的港口工程建設項目，項目單位除執行本規定第九條、第十條的規定外，還應當按照《安全生產法》、《危險化學品安全管理條例》和《港口危險貨物安全管理規定》的要求，履行安全條件審查和安全設施設計審查程序，並組織安全設施驗收。第十二條港口工程建設項目需要使用港口岸線的，項目單位應當按照港口岸線使用管理的規定辦理港口岸線使用手續。未取得海岸線使用批準文件或者交通運輸部海岸線使用意見的，不得開工建設。第十三條交通運輸部負責國家重點水運工程建設項目的初步設計審批。
省級交通主管部門負責省級人民政府及其投資主管部門審批、核準或備案的港口工程建設項目的初步設計審批。
地方港口行政管理部門負責其余港口工程建設項目的初步設計審批。第十四條項目單位應當向交通主管部門或者有審批權限的地方港口行政管理部門申請初步設計審批，並提供下列材料:
(1) 1原始申請文件；
(2)初步設計文件及其電子版1份；
(三)經批準的可行性研究報告，或經批準的項目申請，或1備案證明復印件。