結局如下：
柯南(新壹)在最後的幾集中，因為身份被黑暗組織識破，而遭到追殺，黑暗組織首領下令，柯南(新壹)和灰原哀(Sherry)知道了組織的秘密，為了不要讓情報傳到警方手裏，壹定要殺了他們，柯南(新壹)不敢回毛利家，怕托累他們，阿笠博士的家更不能回，黑暗組織早就派人監視著。
柯南(新壹)和灰原哀(Sherry)躲在壹間廢屋裏，這樣躲著也不是辦法，柯南(新壹)決定壹個人去與黑暗組織了斷，灰原哀(Sherry)不同意，眼淚終於流了出來，抱著柯南，勸柯南(新壹)不要去，但柯南(新壹)卻不聽，用麻醉手表想讓她睡著，不料卻被她躲過了。
青山老師說，在柯南(新壹)決意離開去找黑暗組織了斷時，與灰原哀(Sherry)的對話很精彩!另壹方面，警方早就秘密調查著黑暗組織的事，目前已經掌握足夠的證據!小蘭對柯南懷著疑問，偷偷地調查工藤家有沒有姓江戶川的遠房親戚，結果證實了她的想法，工藤家，只有住在東京的太保家和大板松田家是親戚。
除此之外，還有幾戶遠房親戚的也都不姓江戶川，小蘭懷疑是阿笠博士弄了什麼藥讓新壹變小了，於是決定去找阿笠博士，到他家門口卻發現有幾個穿黑色西裝，戴太陽眼鏡的可疑人在阿笠博士家附近排徊，便從後墻爬進去，壹進屋發現屋裏亂七八遭的，地上還攤著片血。
小蘭知道博士家有地下室，便前去，在地下室裏，發現受傷的阿笠博士....柯南(新壹)服下哀剛剛研制的暫時性解藥，變回了原樣，這個解藥的效果可以維持很長壹段時間!是灰原哀(Sherry)熬了幾天幾夜研制的。直到第二天，阿笠博士醒過來了，同時新壹也到達黑暗組織的巢穴。
博士得知自己也昏睡了壹天了，怕新壹出現什麼意外，要是落入他們(黑暗組織)手裏，就別想活著走出來，在他無奈之際，在小蘭苦苦逼問柯南的真實身份之際，博士為了新壹，只有向小蘭坦白，道出柯南就是新壹的事實，並且要求小蘭，秘密偵求警方的幫忙，並且通知毛利小五郎，壹起去解救新壹。
小蘭在得知柯南就是新壹之後，在知道新壹並沒有離開她，壹直都在她身邊之後，回想了很多，通知了她父親毛利小五郎，隨後與警方秘密取得聯系。
新壹見到了琴酒(GIN)，伏特加，貝爾摩多(沙龍)跟基安蒂、科恩，在此得知，除他們之外，還有另壹神秘人物，他被琴酒(GIN)稱"那位先生"，也是黑暗組織的策劃者-三只犬。
新壹逼問黑暗組織到底在研究些什麽，組織有什麼陰謀，琴酒(GIN)透露，讓工藤新壹死個明白，黑暗組織的目的是完全控制東京，鏟除警方跟他們的克星__FBI，新壹與黑暗組織展開激戰，隨後基德也加入了，為了查明父親慘死的真相，與新壹壹起大大出手。
其實，基德，也就是黑羽快鬥，他父親原本就是第壹代怪盜基德-黑羽盜壹，後來在壹次偶然的事件中被卷入某件事中而被秘密組織所殺，快鬥（基德）為了尋找那個組織，成為下壹任怪盜基德，秘密調查那個殺害父親的組織，那個組織，就是黑暗組織。
為報殺父之仇，化身基德，希望能夠引誘黑暗組織出來，不停地作案，得知高中生工藤新壹因為看到了某組織的秘密交易而被變成小孩，基德覺得不可思議，記得父親的檔案裏也有提過，那個組織也在秘密研究些藥物。
於是，開始與工藤新壹接觸，其實，那幾次和工藤新壹對決都不是偶然的，都是他刻意的，為的就是等待黑暗組織，工藤新壹找出黑按組織，後來，新壹與黑暗組織幾次磨擦，基德終於見到了父親檔案中提到的黑暗組織人員-琴酒(GIN)，因而開始了他的復仇計劃。
在最後壹集中，基德被琴酒(GIN)打中右手，新壹為救基德，最後被逼得走投無路了!琴酒(GIN)本來想結束他和基德的性命的，黑暗組織首腦，想出了壹條計謀，利用新壹他們做為引誘雪莉的誘耳。每壹個結局都大大出乎意料。
黑暗組織的首腦，其實就是鈴木財團，鈴木史郎的秘書-西野真人，看起來斯斯文文的壹個小夥子，沒想到竟然是可怕的黑暗組織的首腦，新壹怎麽也沒想到，這下子，不光是小蘭，連鈴木家都要受到牽連。
新壹的父親，工藤優作，在鈴木財團的壹次酒會中其實早就對西野真人表示懷疑，只是沒有證據，於是開始調查，但結果青山老師沒有透漏，據說，大大出乎意料，阿笠博士的真面目，毛利小五郎隱藏多年的級密檔案....種種真相，都特別精彩。
另外，灰原哀（Sherry），在最後關頭中，非常的勇敢，壹心想為父母和姐姐報仇，殺死了貝爾摩得(沙龍)跟基安蒂、科恩，琴酒(GIN)與小蘭壹對壹空手道對決，他也是個高手！結局大大出乎意料，也非常緊張的，西野真人果然利用鈴木壹家作為人質，就連警視廳最高領導人，地方委員都被囚禁起來。
擴展資料：
漫畫《名偵探柯南》是連載於《周刊少年Sunday》的推理漫畫，開始連載於1994年。漫畫講述了主人公江戶川柯南以天生的推理能力對抗神秘組織，並與同伴壹起解決無數案件的故事。作品亦改編為同名電視動畫。
作品的創作契機是1992年在《周刊少年Magazine》開始連載的《金田壹少年之事件簿》所引發的推理漫畫熱潮。該作品也是《周刊少年Sunday》為了對抗後者而誕生的。
青山剛昌在其前壹部作品《城市風雲兒》連載結束後，經過僅4周時間的作品構思，即開始創作《名偵探柯南》漫畫。
為構思柯南的故事和形象，青山剛昌把阿瑟·柯南·道爾的《福爾摩斯探案全集》拿出來進行了反復研究。因為“名偵探柯南”這個名字會讓人想到《未來少年柯南》，所以雜誌主編說用“道爾”更好。
但是青山覺得“柯南”比“道爾”的語感更好，所以堅持使用“名偵探柯南”這個名字。不過在連載前，發表預告時主編還將漫畫名字錯寫成了“偵探少年柯南”。
參考資料：