為了反映應付、暫收專用款項的增減變動，應設置“專項應付款”帳戶組織核算。專項應付款或專項暫收款發生時貸記該帳戶，支付各項應付、暫收款時，借記該帳戶。貸方余額為專項應付款實有數。
在“專項應付款”帳戶下，應按單位或個人設置明細帳戶組織核算。在企業內部專項資金與流動資金相互墊支而發生的應付款項，直接通過“銀行存款”和“專項存款”帳戶劃轉，不在“專項應付款”帳戶核算。
“專項應付款”賬戶用於核算企業接受國家撥入的具有專門用途的撥款，如專項用於技術改造、技術研究等，以及從其他來源取得的款項。在“專項應付款”賬戶下，應按專項應付款種類設置明細賬，進行明細核算。