1、采集地方：可以在當地山上落葉聚集較多的山谷、樹林中采集。
2、具體辦法：把做的稍微有壹點硬的大米飯(1kg～1．5kg)，裝入用幹凈杉木板做的小木箱(25cm×20cm×10cm)約三分之壹，大米飯上面蓋上宣紙，封好口，將其埋在當地山上落葉聚集較多的山谷樹林中。為防止野生動物糟蹋，木箱最好罩上鐵絲網。夏季經三～五天，春秋經六～七天，周邊的土著微生物潛入到米飯中，在米飯上形成白色菌落（放置時間稍長時會形成各種顏色菌落，雖然也能利用，但最好還是用白色菌落）。
3、擴陪方法：土著菌采集成功後摻入原材料量1/3左右的紅糖，將其混合均勻(數量按壇子容量的三分之壹)，把變的稀軟狀態的米飯裝入壇子裏，蓋上宣紙，用線繩系好口，放置在溫度18℃左右地方。大約放置7天左右，就會變成濃稠液體狀態，飯粒多少會有些殘留，但不礙事。簡單過濾後就是土著微生物菌種原液。 用的時候直接稀釋後和EM菌種原液壹起使用！