1、化學式不壹樣。次氯酸鈉化學式是NaCIO，季銨鹽壹般指的是四級銨鹽，通式為R4NX，其中有四個烴基R，X為鹵素負離子F，CI，Br，I，或者是酸根。
2、物化性質不同。次氯酸鈉的性狀為微黃色的溶液或者白色粉末，有像氯氣壹樣的氣味，白色極不穩定固體，見光易分解，具有漂白性質，常見的次氯酸鈉就是家裏洗滌劑中的氯漂白劑，具有壹定的腐蝕性，放出的氯氣有毒。而季銨鹽它和無機鹽的性質非常相似，易溶於水，水溶液能導電，是壹種高毒物質。
3、用途也有些不壹樣，次氯酸鈉是強氧化劑，可以用作漂白劑，氧化劑及凈水劑，具有殺菌消毒的作用，可以用於水的凈化，做消毒劑漂白劑。季銨鹽也可以用作殺菌消毒劑，是用於農業殺毒劑，公***場所殺菌消毒，水產養殖消毒，醫療殺菌消毒等領域，殺菌效果比較突出。還可以用作絮凝劑，破乳劑，鉆井液和增稠劑，減阻劑等等。
4、次氯酸鈉對環境有害，而季銨鹽類產品壹直沿著綠色環保，易生物降解等符合人類健康和有利於自然環境方面發展，能滿足社會需求。