（1）配套品種
適宜水稻田間套種的主要是中高溫型的紫木耳、大光木耳和毛木耳。目前，在湖南較為普遍栽培的是紫木耳，其子實體生長適溫範圍廣，抗逆性強，在高溫條件下不會產生流耳和爛耳。水稻品種應選用生育期適中、抗病性較強、耐肥抗倒、植株茂盛的高產優質品種。目前，湖南選用的早稻品種為湘早秈1號和V35、晚稻選用V6等。
（2）栽培季節
我國南方早、晚兩季水稻均可套種紫木耳。壹般在5月5日插完早稻，6月1日前曬田，4～5月份制紫木耳菌袋，6月上旬至7月份菌袋排放在稻田行株間出耳。晚稻壹般在7月份接種菌袋，在8月1日前插完秧，8月20日以前曬田，8月下旬至10月份將菌袋排放田中出耳。長江以北地區近年也開始采用這種栽培方法，但只能套種壹季。
（3）菌袋培養
稻田套種紫木耳的培養料，可參考常規栽培配方。袋子規格為17厘米×33厘米的聚乙烯或聚丙烯塑料袋，每袋可裝稻草培養料幹料0.25千克，濕重約0.75千克。菌袋生產工藝按常規。發菌管理根據自然氣溫的不同，分為低溫期發菌管理或高溫期發菌管理。早稻套種紫木耳，大批量制袋是在2～3月份，此時氣溫低，月平均氣溫在10℃左右，耳袋可采取墻式堆放5～6層，以利用袋堆積溫促進菌絲生長。晚稻套種紫木耳，制袋時間為4～6月份，此時氣溫高，最好平放在床架上或地面，疊袋最多不要超過2層，必須留有壹定通風空隙，以利於菌絲發育。培養1個月左右，菌絲即可長滿袋。
（4）出耳管理
菌袋下田後1～4天為紫木耳原基分化期，每天上午11～12小時、下午4～6時灌水，使水淹沒至耳基部位，經30分鐘後將水排除，至溝中蓄滿水為止。若耳袋下田後有連綿陰雨，要及時將畦面積水排幹，溝內蓄水淺留或不留；陰天保持畦面水位4～5厘米，晚間排幹或留半溝水。經數天後耳片很快舒展，進入盛長期，此時的管理亦視天氣變化而定，晴天灌水滿溝，陰天半溝水，雨天排幹水。下雨天壹般在10天左右即可采收。采收時，采大留小。發現爛耳要及時清除，采耳時遺留在田間的碎耳要收拾幹凈，以免引發蟲害。采耳後2天，於午間灌水出耳處，經30分鐘後排水，畦面留水4厘米；下午4時按上法重復灌水1次。晚間畦面留薄水，經4天左右又有新的原基形成，每隔3～5天采收1次，可采收4～5批。