疊層石主要是藍綠藻本身作用（還有細菌）及其生命活動遺跡和沈澱作用產物的綜合體，常在灰巖、白雲巖中形成同心狀的疊層構造，故名疊層石（圖9.62）。它由基本層組成，基本層由鈣質層及藻層周期性互相疊置而形成的明暗相間的層理。基本層形成後，可以產生各種不同形態結構的疊層石，有紋層狀、同心球狀、半球狀、柱狀、錐狀及分支狀等。新元古代是地史上疊層石最繁盛的時期，其分布廣泛、形態多樣。我國北方中元古代白雲巖、白雲質灰巖及灰巖中普遍產出，在南方新元古界震旦系上部白雲質灰巖及矽質白雲巖中亦有產出。
當疊層石深淺交替變化大而又具有壹定的特殊形態時，尤其是經自然風化溶蝕後形成凹凸狀疊壘的古城堡狀或層層包卷的卷心菜狀或更具情趣的分支狀、雲朵狀者更具觀賞價值。