病因是指導致疾病發生的原因。中醫認為人生存於自然界和社會之中，與自然界、與社會應該是壹個和諧的有機整體，當這個整體的和諧性遭到破壞，就會導致個體疾病的發生。
不論是自然環境還是社會、社區、家庭、人際交往等因素發生異常變化時，都會成為導致疾病的原因。另壹方面，人體自身是壹個有機的整體，某壹部分的變化也會影響其他部分乃至全身功能的變化。所以致病因素既可以來自外界，也可以來自人體自身。
中醫病因學具有以下幾方面的特點：
①強調正邪關系：正是指正氣，即人體抵禦外邪的能力，邪是指致病的邪氣。正氣與邪氣是壹對矛盾，在這兩者之間，正氣是決定的因素。《黃帝內經》指出“正氣存內，邪不可幹”，“邪之所湊，其氣必虛”，在同樣感受邪氣的情況下，人體是否發病取決於自身正氣是否充足。②審證求因：中醫在分析病因時，壹方面需要尋找疾病發生的直接因素，如突感風寒之後，出現惡寒發熱等外感證候，感冒風寒是其直接的病因，但是在很多情況下，需要從病人臨床表現的證候來分析原因，這就叫做“審證求因”。對於病因中的自然因素，多采用唯象的方法來認識和描述。例如在自然界中，風具有流動的特點，根據這壹觀察，得出“風性多動“
的結論。所以在臨床上見到以動搖不定為主的病癥時，其病因多歸結於風邪。這種歸納的方法雖然非常直觀、形象，卻很符合中醫學唯象思維中“觀物取象”、“取類比象”的思維模式。③三因分證：中醫把致病的原因歸納為內因、外因和不內外因三類，內因是指因情誌劇烈變化而形成的致病因素，外因是指因氣候變化而形成的致病因素，把這兩種因素以外的其他因素稱為不內外因。
為了便於掌握各種致病因素的致病特點，指導臨床醫生對疾病進行預防和治療，從《黃帝內經》起就對病因種類進行了劃分，提出了“夫邪之生也，或生於陰，或生於陽。其生於陽者，得之風雨寒暑；其生於陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒”。將六淫邪氣劃分為“生於陽者”，將飲食居處失常劃分為“生於陰者”，把病因分成了陰陽兩類。
漢代的張仲景在《金匱要略》中把病因明確分成了三類：壹是“經絡受邪，入臟腑”，屬內所因；二是“四肢九竅，血脈相傳，壅塞不通”，屬外皮膚所中；三是“房室、金刃、蟲獸所傷”。
宋代的陳無擇在《三因極壹病證方論》中，以《金匱要略》的三類病因為基礎，進壹步提出了“三因學說”，將六淫邪氣歸納為外因，七情所傷歸納為內因，飲食、勞倦、金刃、蟲獸歸納為不內外因。在這裏應當明確的是，陳無擇所提出的“外因”、“內因”指的是導致疾病的病因來源及疾病發展趨勢的由外而內或由內而外，並非指哲學上的內外因概念。“不內外因“是指六淫七情之外的致病因素。
中醫的病因理論是根據長期的醫療實踐觀察和經驗積累逐漸形成的，盡管陳無擇的這種提法有不完善的地方，但他的“三因論”作為病因分類的壹種方法，對後世影響很大。由於中醫病因理論的內容與中醫的診斷、辨證、治療緊密相關，因而後世醫家多結合陳無擇的“三因論”將病因理論進行了總結概括，即外感病病因為六淫、癘氣，內傷病病因為情誌、勞倦、飲食，創傷病病因為金刃、蟲獸等。