微生物菌肥是活體肥料，主要是依賴大量有益微生物發揮生命活力，在其旺盛的繁殖和新陳代謝情況下，不斷進行物質轉化而展現其效益。施用生物菌肥方法要比施用化學肥料和有機質肥料的要求嚴格，微生物肥料在施用上要註意壹下幾個事項：
壹定要保證微生物肥在有效期內施用，以確保微生物的純度、菌數和活性。
微生物肥料是可以單獨施入土壤中，但是和有機質肥料混合後再使用的效果會更好，因為有機質肥料可提供保水和微生物的營養成分，有助於有益微生物在土壤中繁殖。
不要和化學肥料混合使用，施用微生物肥料後也不要在短時間內施用化學肥料。壹則避免肥料鹽溶解時鹽度太高殺傷有益微生物，壹則避免有益微生物因為肥料鹽中已提供其所需的營養元素而不再發揮其固氮、解磷、解鉀等功能。
微生物肥料要施用到作物根圈附近，避免離開根系太遠而無法幫助根系吸收到營養元素。所以微生物肥要主要用作基肥使用。
開袋後最好立即用完，如有未用完的微生物菌肥要妥善保存並且壹兩日內盡快用完。壹則是防止雜菌繁殖傷害微生物菌肥的有益菌，使其失效；再則是防止微生物菌肥中的微生物到處傳播，雖然微生物菌肥所使用的菌種都要是安全的菌種，但是如果未確實把關，而把大量的微生物，不管是有益菌或有害菌，釋放到外界對保持環境生態平衡總是負面的。
微生物菌肥要儲存在陰涼的地方，避免日光照射、避免高溫、避免潮濕、避免堆疊壓實不透氣、避免沾到酸性或堿性物質、禁忌相當多。
總之，在應用微生物肥料之前，要先檢驗土壤的環境條件，若有不足時應做好土壤改良，施用後要先做好土壤管理，以確保施進去的有益菌能旺盛的繁殖。