1、制作方法不同
轉基因食品指的是利用轉基因生物技術（轉基因生物技術是指在特定生物物種基因組導入外源基因並使其有效地表達相應產物的新型育種技術）獲得的轉基因生物品系，並以該轉基因生物為直接食品或為原料加工生產的食品稱為轉基因食品。
非轉基因食品是相對於轉基因食品而言的，是指不含有任何轉基因成分或含有的轉基因成分總量低於某個閾值的食品。
2、成分不同
轉基因食品中確實帶有活性的基因成分，人們食用這種轉基因生物或食品後，轉移來的基因和生物本身固有的基因均會被人體消化吸收的轉基因食品。
非轉基因食品與傳統食品的概念有細微區別，傳統食品是GMO-free食品，而含有少於限量標準的轉基因成分的非轉基因食品含有轉基因成分。
3、特點不同
非轉基因食品中確實含有轉基因成分，但在加工過程中其特性已發生了改變，轉移來的活性的基因不復存在於轉基因食品中的轉基因食品。
轉基因食品可增加作物產量、降低生產成本，增強作物抗蟲害和抗病毒等的能力，提高農產品耐貯性，縮短作物開發的時間，擺脫四季供應，打破物種界限，不斷培植新物種、生產出有利於人類健康的食品。
百度百科-非轉基因食品
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