蘋果核有毒。蘋果核中存在氫氰酸，但是其含量十分微少，單個蘋果之中的氫氰酸對於身體的影響甚至可以忽略不計，只要不是在短時間內大量食用，對於身體健康沒有什麽影響。如果大量食用會使氫氰酸沈積在身體內，就會導致頭暈、頭痛、呼吸速率加快等癥狀，嚴重時可能出現昏迷。單個蘋果核中含有的氫氰酸劑量較少，通常不會引起明顯的毒性反應，若不慎誤食了蘋果核，不必太過擔心。
蘋果當中含有豐富的果膠、維生素、多酚和黃酮類物質，適當食用蘋果，可補充人體所必需的微量元素及礦物質，但是不建議吃蘋果時，將蘋果核壹同食用。因為蘋果核質地較硬，不易被胃腸道正常消化，容易引起腹脹等不適癥狀。同時蘋果皮中膳食纖維較多，大量食用後不易消化，對於胃腸道功能不全者，吃蘋果時應註意將果皮削掉，對於果肉要細嚼慢咽，避免引起腹脹、腹痛等消化不良的癥狀，或者將蘋果煮熟後食用，有利於胃腸道的消化，促進營養物質的吸收。