這裏按照副本的開放順序來說吧，亡靈天災仍然占據著遙遠的東、西瘟疫之地，並準備以這裏為踏板，向艾澤拉斯南方入侵。而建立在西瘟疫達隆米爾湖中央小島上的通靈學院，則是亡靈軍團的前線堡壘之壹。攻克通靈學院成了聯盟與部落的當務之急。
在卡利姆多的原始雨林——菲拉斯，上層精靈的遺跡散發著邪惡的氣息，食人魔和辛德拉占據了厄運之槌。而菲拉斯南方出現的異種蟲群也顯得不正常。
艾澤拉斯南方的黑石山裏，黑鐵矮人和獸人活動變得頻繁，據說還有龍和活體元素出現。
阿塔哈卡神廟裏，壹些探索者們發現壹些巨魔正在進行邪惡的儀式，似乎在吸取和腐蝕翡翠夢境的力量，並企圖召喚壹位叫做哈卡的邪神。
暴風城國王瓦裏安·烏瑞恩在壹次出巡中意外失蹤，暴風王國暫時由王子安度因·烏瑞恩代理，弗塔根公爵攝政，卡特拉娜·普瑞斯托女士參議。
在黑石山的調查中，勇士們意外發現了前暴風王國元帥——雷吉納德·溫德索爾，並護送元帥回到暴風城，揭開了普瑞斯托女士的假面具。原來她正是黑龍耐薩裏奧的後代，壹條名為奧妮克希亞的雌龍。元帥戰死，弗塔根公爵幡然悔悟，下令進攻奧妮克希亞的巢穴。在除掉奧妮克希亞之後，黑龍奈法利安的陰謀被逐漸揭發，聯盟和部落意識到巨大的威脅來自黑石塔。原來黑石塔中，被炎魔拉格納羅斯所奴役的黑鐵矮人和黑龍手下的裂盾獸人都聽命於遠古的黑暗力量，拉格納羅斯更是元素四元帥之壹。殘酷的戰爭（40人本滅滅滅）之後，奈法利安被打敗，而拉格納羅斯也被驅逐出實體位面。
邪神哈卡在巨魔城市祖爾格拉布被召喚出來了，艾澤拉斯的巨魔部族們對此深感震驚，並各自派出祭祀前往祖爾格拉布，想要在哈卡的力量完全恢復之前消滅它。但是祭司們失敗了，他們被擊敗並被洗腦，成為了哈卡的手下。贊達拉部族獨木難支，只好向旅行的勇士們求助。事後人們發現，真正的幕後主使者其實是金度。消滅了金度，祖爾格拉布又恢復了往日的寧靜。
不久之後，遙遠的希利蘇斯傳來了消息：蟲群大面積泛濫，已成災禍。塞納裏奧議會意識到問題的嚴重性，並提醒聯盟和部落：遠古黑暗的另壹個奴仆——安其拉蟲族已經覺醒，封印的大門正在崩潰，壹場災難正在降臨。聯盟和部落的首領們進行了會談，達成了停戰結盟的協議，***同對抗安其拉蟲族，聯盟和部落第壹次結成盟友。由於戰爭規模極其龐大，整個艾澤拉斯成員都在動員之列，捐食捐物，最後由獸人元帥沙魯法爾帶領兩軍***同進駐希利蘇斯。在某位英雄的帶領下，聯軍主動開啟封印之門，與蟲族展開了交戰。在安其拉神廟的深處，人們發現了真正蟲群的主人——上古之神克蘇恩（上古之神第壹次露面）。這時的克蘇恩在實體位面只剩下壹顆眼睛，而勇士們勇敢地消滅了克蘇恩之眼，結束了這場戰爭。
阿爾薩斯王子與巫妖王合體之後，進入了長時間的沈睡。現在他蘇醒了，並決定進攻艾澤拉斯。他派出了最強大的天災要塞——納克薩瑪斯。而納克薩瑪斯的指揮官正是阿爾薩斯的得力助手克爾蘇加德。要塞懸浮在東瘟疫之地，而為了向整個艾澤拉斯傳遞恐怖，克爾蘇加德在每個種族主城上方都召喚了納克薩瑪斯的幻影，並傳送少量的天災軍團向各地進攻。原白銀之手騎士團的成員決定成立銀色黎明，廣泛招募所有種族的勇士，捍衛家園，對抗亡靈天災。在銀色黎明的努力下，聯盟與部落成功地攻至東瘟疫之地，駐紮在銀色黎明禮拜堂。血色十字軍與銀色黎明也進行了部分合作。最終，克爾蘇加德戰敗，納克薩瑪斯被阿爾薩斯召回。
TBC:在伊利丹入侵外域時，壹部分德萊尼人在納魯的幫助下乘坐星際艦船飛走。在壹番漂泊後，星際艦船在無盡之海的某處墜毀了。凱爾薩斯的血精靈們用魔法跟隨了艦船，並俘虜了艦船上的聖光生物——壹個叫做穆魯的納魯人。殘存的德萊尼人向聯盟求助，並加入了聯盟。而血精靈們在三人議會的領導下決定加入部落。由於得到了穆魯，血精靈們瘋狂地吸取著聖光的力量並可以如人類壹樣使用它。而在環境惡劣的外域的常年生活也使得德萊尼人們逐漸掌握了與元素對話的方法。
逃離了諾森德的伊利丹決定回到外域，建立自己的勢力，以對抗基爾加丹的燃燒軍團。在擊敗外域的領主瑪瑟裏頓之後，伊利丹接管了外域的邪獸人，並以此發展了自己強大的軍隊。在黑暗之門重新打開後，聯盟與部落決定奪回德萊尼和獸人的故土。在德萊尼的聖城沙塔斯，人們意外的發現了遠征軍領袖之壹卡德加以及壹種智慧生物納魯。正是納魯在領導外域的生還者們對抗伊利丹。
得知血精靈加入部落以後，阿曼尼巨魔首領祖爾金感到無比的憤怒。高等精靈千年前奪取了巨魔的故鄉，而自己的手臂和眼睛也被他們奪走。現在，性的部落居然要接納部落的敵人？祖爾金憤怒地宣布，要向這個世界，向血精靈，向新部落，向聯盟，向所有巨魔的敵人復仇。
勇士們在阿卡瑪的灰舌死誓者的幫助下，逐漸瓦解了伊利丹的軍團，並將伊利丹的勢力控制在黑暗神廟附近。阿卡瑪釋放了麥維·影歌。經過激烈的戰鬥，勇士們戰勝了伊利丹，解放了外域。
伊利丹的兩個手下：凱爾薩斯和瓦斯琪，分別占據了風暴要塞和毒蛇湖，掌握了外域重要的能量資源和水資源。在伊利丹遠征冰封王座之前，基爾加丹與伊利丹壹行人曾經有過對面，而就在這時，凱爾薩斯覺得伊利丹並沒有多強大，而基爾加丹所掌握的力量，才是自己所渴求的。於是，凱爾薩斯開始著手叛變。最後，凱爾薩斯以自己的生命換取了基爾加丹的信任，並從基爾加丹處獲得了重生和惡魔的力量。基爾加丹命令凱爾薩斯率領魔能精靈占領太陽井，準備以太陽井為媒介入侵艾澤拉斯。奧爾多與占星者合作，成立了破碎殘陽軍團。後來在安薇娜與卡雷茍斯以及25位勇士（？）的幫助下，破碎殘陽成功地擊敗了基爾加丹，捍衛了艾澤拉斯世界的和平。
WLK:東瘟疫之地的失敗令巫妖王很憤怒。在東瘟疫之地的提爾之手上空，訓練死亡騎士的要塞正大量地擴充著兵員。然而，提裏奧·弗丁和灰燼使者的出現，使部分死亡騎士脫離了巫妖王的控制。他們壹部分加入了聯盟和部落，另壹部分則組建了黑鋒騎士團。阿爾薩斯派出空軍進攻了暴風城和奧格瑞瑪，藉此向聯盟和部落挑戰。兩陣營決定向諾森德進軍。聯盟和部落順利地挺進直到冰川皇冠要塞的入口：憤怒之門。公爵連同部落統帥小沙魯法爾聯手向天災進攻，阿爾薩斯開門迎戰，小沙魯法爾被閃殺。正當阿爾薩斯欲與公爵決戰之時，幽暗城皇家藥劑協會的大藥劑師法拉尼爾突然展開偷襲。裝滿毒氣的巨筒砸向了所有人，阿爾薩斯被迫撤退，聯軍全軍覆沒。珊珊來遲的紅龍將屍首連同毒氣壹並燒盡，公爵受重傷，幾成怪物。
皇家藥劑師協會與瓦裏瑪薩斯叛變了，幽暗城被叛軍占領，被遺忘者們被迫到奧格瑞瑪避難。薩爾帶領軍隊前往幽暗城，在與叛軍的激戰中遇到了同樣進攻幽暗城以收復洛丹倫王都的暴風王國國王瓦裏安·烏瑞恩。最終叛變被鎮壓，但聯盟與部落的戰鬥壹觸即發，吉安娜及時趕到，阻止了雙方。
藍龍之王瑪利茍斯面對種族的覆滅，神智開始扭曲，它認為這是其他種族濫用魔法給自己的族群帶來的禍根。這種想法把魔法之王逼瘋了，現在它正在向所有人發起復仇。面對昔日的老友，阿萊克斯塔薩和克拉蘇斯並沒有太多了憐憫。很快，這只藍龍之王就永久沈睡在龍骨荒野了……
鐵爐堡探險隊依然沒有忘記探索與發掘，但這次他們好像找到了特殊的東西。奧杜爾的發掘讓所有人感到意外，而在勇士們深入其中是，更意外地發現了泰坦創世的痕跡，同時也發現了古老的生物和邪惡。泰坦們將壹個上古之神禁錮在這裏了，這就是第二位出場的上古之神——尤格薩隆。與克蘇恩不同，尤格薩隆的特征是嘴，它沒有別的五官，取而代之的無數張嘴。最終勇士們殺死了尤格薩隆，與克蘇恩不同的是，尤格薩隆真的被消滅了，而不是被從位面中驅逐。
進過無數殘酷激烈的戰鬥，提裏奧·弗丁在眾人的幫助下終於戰勝了巫妖王，阿爾薩斯幡然悔悟，死在其父的靈魂的懷抱中。為了防止天災軍團群龍無首，造成更大的禍端，提裏奧決定帶上巫妖頭盔，成為下壹個巫妖王。弗塔根公爵阻止了提裏奧，並決定代替他成為巫妖王。最後壹代王者隕落，新的巫妖王誕生了……
CTM：阿魯高的法術所引起的瘟疫讓吉爾尼斯的很多人都染上了壹種怪病:在他們極度憤怒或者月圓的時候，身體會失去控制，變成狼人。官方當局壹直都在向大眾隱瞞事實，所有發現並被逮捕的狼人都被處死了，但這依然無法阻止疫病的蔓延，很快事態就失去了控制……在確定瘟疫不會在這片土地以外傳染之後，聯盟接受了這些變異的人類。同時，在世界的中心，地精們生活的群島，正在被洪水、火山及跟隨而來的納迦所破壞，地精們不得不向老朋友——部落求援。
部落的酋長薩爾，不知道什麽原因，辭去了大酋長的位置，成為了提瑞斯法的壹員。代替薩爾的，是戰歌氏族的領袖，格羅姆地獄咆哮的兒子——格羅什·地獄咆哮。尤格薩隆的覆滅另其他的上古之神感到恐慌，於是他們令被他們蠱惑的死亡之翼——耐薩裏奧毀滅這個世界。懷著滿腔的仇恨，耐薩裏奧瘋狂地撕裂了大地，它的力量甚至影響到了整個艾澤拉斯，很多地區的氣候開始異變。
在大旋渦的深處也是納迦族的聖地，納迦族的首領，曾經的暗夜精靈的女王——艾莎拉，正醞釀著更大的陰謀……