1、港航局和海事局的定義不同
港航局：港航管理局。屬於政府事業單位，負責海事交通管理的部門。
海事局：中華人民***和國海事局，是指1998年在原中華人民***和國港務監督局、中華人民***和國船舶檢驗局的基礎上合並組建而成的交通部直屬機構。
2、港航局和海事局的職責不同
港航局：貫徹執行有關港口、航運工作的法律、法規、規章和方針、政策，根據國家和地方對港口發展的戰略要求和本市城市總體規劃，負責屬於地方政府管理權限的國際海上運輸、沿海運輸和長江運輸的行業管理工作。
海事局：擬訂和組織實施國家水上交通安全監督管理、船舶及相關水上設施檢驗和登記、防治船舶汙染和航海保障的方針、政策、法規和技術規範、標準。
統壹管理水上交通安全和防治船舶汙染。監督管理船舶所有人安全生產條件和水運企業安全管理體系；調查、處理水上交通事故、船舶汙染事故及水上交通違法案件；指導船舶汙染損害賠償工作。